中文网站
Dankie dat u Nature.com besoek het. U gebruik 'n blaaierweergawe met beperkte CSS-ondersteuning. Vir die beste ervaring beveel ons aan dat u 'n opgedateerde blaaier gebruik (of Verenigbaarheidsmodus in Internet Explorer deaktiveer). Boonop, om voortgesette ondersteuning te verseker, wys ons die webwerf sonder style en JavaScript.
Wys 'n karrousel van drie skyfies gelyktydig. Gebruik die Vorige en Volgende knoppies om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg, of gebruik die skuifknoppies aan die einde om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg.
Sedert die uitbreking van die koronavirussiekte (COVID-19) in 2019 is baie kommersiële nukleïensuur-amplifikasietoetse (NAAT's) wêreldwyd ontwikkel en het dit standaardtoetse geword. Alhoewel verskeie toetse vinnig ontwikkel en op laboratoriumdiagnostiese toetse toegepas is, is die prestasie van hierdie toetse nie in 'n verskeidenheid omgewings geëvalueer nie. Daarom was hierdie studie daarop gemik om die prestasie van die Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- en Sansure Biotech-toetse te evalueer met behulp van die Composite Reference Standard (CRS). Die studie is van 1 tot 30 Desember 2020 by die Ethiopiese Openbare Gesondheidsinstituut (EPHI) uitgevoer. 164 nasofaringeale monsters is onttrek met behulp van die QIAamp RNA-mini-kit en die Abbott DNA-monstervoorbereidingstelsel. Van 164 monsters was 59,1% positief en 40,9% negatief vir CRS. Sansure Biotech-positiwiteit was beduidend laag in vergelyking met CRS (p < 0.05). Sansure Biotech-positiwiteit was beduidend laag in vergelyking met CRS (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech kan nie met CRS gebruik word nie (p < 0,05). Sansure Biotech se positiewe resultate was beduidend laer in vergelyking met CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech het baie goeie resultate met CRS (p < 0,05). Sansure Biotech het beduidend minder positiewe resultate gehad in vergelyking met CRS (p < 0.05).Die algehele ooreenstemming van die vier ontledings was 96.3–100% in vergelyking met CRS. Benewens die lae positiwiteitskoers van die Sansure Biotech-toets, was die prestasie van die vier toetse byna vergelykbaar. As sodanig vereis die Sansure Biotech [Slegs Navorsing (RUO)]-toets addisionele validering vir die gebruik daarvan in Ethiopië. Laastens moet addisionele navorsing oorweeg word om toetse met toepaslike vervaardiger se bewerings te evalueer.
Laboratoriumtoetse is deel van die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) se Strategiese Plan vir Koronavirussiekte 2019 (COVID-19) Gereedheid en Reaksie (SPRP). Die WGO beveel aan dat lande laboratoriumkapasiteit moet bou om gereedheid, behoorlike saakbestuur, waaksaamheid en vinnige reaksie op openbare gesondheidsuitdagings te verbeter. Dit dui daarop dat die rol van die laboratorium die sleutel is tot die karakterisering van die siekte en epidemiologie van opkomende aansteeklike agente en die beheer van hul verspreiding.
Die diagnose van COVID-19 vereis epidemiologiese en mediese inligting, persoonlike simptome/tekens, en radiografiese en laboratoriumdata2. Sedert die COVID-19-uitbraak in Wuhan, China, aangemeld is, is baie kommersiële nukleïensuur-amplifikasietoetse (NAAT's) regoor die wêreld ontwikkel. Real-time omgekeerde transkripsie-polimerase-kettingreaksie (rRT-PCR) is gebruik as 'n roetine- en standaardmetode vir laboratoriumdiagnose van ernstige akute respiratoriese sindroom 2 (SARS-CoV-2)3-infeksie. Molekulêre opsporing van SARS-CoV-2 is tipies gebaseer op die N (nukleokapsiedproteïengeen), E (omhulselproteïengeen) en RdRp (RNA-afhanklike RNA-polimerasegeen) gene in die ORF1a/b (oop leesraam 1a/b) geen) streek wat uit die virale genoom geïdentifiseer is. Hulle word beskou as die belangrikste gekonserveerde streke wat in virale genome vir virusherkenning gevind word4. Onder hierdie gene het die RdRp- en E-gene hoë analitiese opsporingsensitiwiteit, terwyl die N-geen lae analitiese sensitiwiteit5 het.
Die werkverrigting van PCR-toetse kan wissel na gelang van verskeie faktore soos: ekstraksiereagense, amplifikasie-/opsporingsreagense, ekstraksiemetode, kwaliteit van die PCR-masjien en ander instrumente. Vanaf April 2020 het meer as 48 verskillende diagnostiese toestelle van nege lande Noodgebruiksmagtiging (EUA) vir COVID-196-diagnostiek ontvang. In Ethiopië word meer as 14 intydse PCR-platforms gebruik vir PCR-opsporing van SARS-CoV-2 by 26 openbare gesondheidsinstellings, insluitend ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 en Quant-studio7. Daarbenewens is verskeie PCR-toetsstelle beskikbaar, soos die Daan Gene-toets, Abbott SARS-CoV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-CoV-2 BGI-toets. Alhoewel rRT-PCR hoogs sensitief is, rapporteer sommige pasiënte met COVID-19 vals negatiewe resultate as gevolg van onvoldoende kopieë van virale ribonukleïensuur (RNA) in monsters as gevolg van onbehoorlike versameling, vervoer, berging en hantering, en laboratoriumtoetsing. toestande en optrede van personeel8. Daarbenewens kan verkeerde hantering van monsters of kontroles, die instelling van siklusdrempel (Ct) en kruisreaktiwiteit met ander patogene nukleïensure of onaktiewe/residuele SARS-CoV-2 RNA lei tot vals positiewe resultate in rRT-PCR9-toetse. Dit is dus duidelik dat PCR-toetse inderdaad draers van geenfragmente kan identifiseer, aangesien hulle nie eers tussen werklik aktiewe virale gene kan onderskei nie, dus kan die toetse slegs draers identifiseer en nie pasiënte nie10. Daarom is dit belangrik om diagnostiese prestasie te bepaal deur standaardmetodes in ons omgewing te gebruik. Alhoewel baie NAAT-reagense beskikbaar is by die Ethiopiese Openbare Gesondheidsinstituut (EPHI) en regoor die land, is daar nog geen vergelykende evaluering van hul doeltreffendheid gerapporteer nie. Daarom was hierdie studie daarop gemik om die vergelykende prestasie van kommersieel beskikbare stelle vir die opsporing van SARS-CoV-2 deur rRT-PCR met behulp van kliniese monsters te evalueer.
'n Totaal van 164 deelnemers met vermoedelike COVID-19 is in hierdie studie ingesluit. Die meerderheid van die monsters was van behandelingsentrums (118/164 = 72%), terwyl die oorblywende 46 (28%) deelnemers van nie-behandelingsentrums was. Onder deelnemers wat nie by die sentrum behandel is nie, het 15 (9,1%) klinies vermoedelike gevalle gehad en 31 (18,9%) het kontak gehad met bevestigde gevalle. Drie-en-negentig (56,7%) deelnemers was mans, en die gemiddelde (± SD) ouderdom van die deelnemers was 31,10 (± 11,82) jaar.
In hierdie studie is positiewe en negatiewe koerse van vier toetse vir COVID-19 bepaal. Dus was die positiewe koerse van die Abbott SARS-CoV-2-toets, Daan Gene 2019-nCoV-toets, SARS-CoV-2 BGI-toets en Sansure Biotech 2019-nCoV-toets onderskeidelik 59.1%, 58.5%, 57.9% en 55.5%. Die positiewe en negatiewe saamgestelde verwysingsstandaard (CRS)-tellings was onderskeidelik 97 (59.1%) en 67 (40.9%) (Tabel 1). In hierdie studie was die definisie van CRS gebaseer op die "enige positiewe"-reël, waarvolgens uit vier toetsresultate twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat gegee het, as waar positief of negatief beskou is.
In hierdie studie het ons 'n negatiewe persentasie-ooreenkoms (NPA) van 100% (95% KI 94.6–100) vir alle ontledings in vergelyking met CRS gevind. Die Sansure Biotechnology-analise het 'n minimale PPA van 93.8% (95% KI 87.2-97.1) getoon en die Daan Gene 2019-nCoV-analise het 'n algehele ooreenstemming van 99.4% (95% KI 96.6-99.9) gehad. In teenstelling hiermee was die algehele ooreenstemming tussen die SARS-CoV-2 BGI-toets en die Sansure Biotech 2019-nCoV-toets onderskeidelik 98.8% en 96.3% (Tabel 2).
Cohen se kappa-koëffisiënt van ooreenstemming tussen CRS en Abbott SARS-CoV-2-toetsresultate was ten volle konsekwent (K = 1.00). Net so is Cohen se kappa-waardes wat deur Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI en Sansure Biotech 2019-nCoV waargeneem is, ook ten volle konsekwent met CRS (K ≥ 0.925). In hierdie vergelykende analise het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) getoon dat die Sansure Biotech 2019-nCoV-toetsresultate beduidend verskil het van die CRS-resultate (p = 0.031) (Tabel 2).
Soos getoon in Fig.1 die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) van die Abbott SARS-CoV-2-toets (gekombineerde RdRp- en N-geen) was 87,6% en die ORF1a/b-geen-Ct-waarde van die Sansure Biotech 2019-nCoV-toets het getoon dat die persentasie van die lae Ct-waarde (< 20 Ct) 50,3% was en die hoë Ct-waarde (36–40 Ct) 3,2%. 1 die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) van die Abbott SARS-CoV-2-toets (gekombineerde RdRp- en N-geen) was 87,6% en die ORF1a/b-geen-Ct-waarde van die Sansure Biotech 2019-nCoV-toets het getoon dat die persentasie van die lae Ct-waarde (< 20 Ct) 50,3% was en die hoë Ct-waarde (36–40 Ct) 3,2%.Soos getoon in Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp en N) составил 87,6 ct. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (36 Ct) составляло 3,2%. 1, die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) analise van Abbott SARS-CoV-2 (gekombineerde geen RdRp en N) was 87.6%, en die Ct-waarde van ORF1a/b geen analise van Sansure Biotech 2019-nCoV het getoon dat die persentasie van lae Ct-waarde (< 20 Ct) verantwoordelik was vir 50.3%, en hoë waarde Ct (36–40 Ct) verantwoordelik was vir 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（< 20% Ctn. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Soos getoon in Figuur 1, is die laagste Ct-waardepersentasie (< 20 Ct) van die Abbott SARS-CoV-2-toets (kombinasie van RdRp en N-geen) 87.6%, die ORF1a/b-geen Ct-waarde van die Sansure Biotech 2019-nCoV-toets toon 'n lae Ct (< 20 Ct) persentasie van 50.3%, en die 高Ct (36–40 Ct) persentasie van 3.2%. Hoe om te sien op рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентние (2 Ctntное) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Soos getoon in Figuur 1, het die Abbott SARS-CoV-2-toets (wat die RdRp- en N-gene kombineer) die laagste persentasie Ct-waarde (< 20 Ct) gehad teen 87,6%, terwyl die Ct-waarde van die ORF1a/b-geen in die Sansure Biotech 2019-studie – Die analise van nCoV het 'n lae Ct getoon. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Die persentasie waardes (< 20 Ct) was 50.3%, en die persentasie hoë Ct-waardes (36–40 Ct) was 3.2%.Die Abbott SARS-CoV-2 B-toets het Ct-waardes bo 30 aangeteken. Aan die ander kant, op die BGI SARS-CoV-2-toets het die ORF1a/b-geen 'n hoë Ct-waarde (> 36 Ct) gehad, en die persentasie was 4% (Fig. 1). Aan die ander kant, op die BGI SARS-CoV-2-toets het die ORF1a/b-geen 'n hoë Ct-waarde (> 36 Ct) gehad, en die persentasie was 4% (Fig. 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого сос. Aan die ander kant, in die analise van BGI SARS-CoV-2 het die ORF1a/b-geen 'n hoë Ct-waarde (> 36 Ct) gehad, waarvan die persentasie 4% was (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为分毼为 Aan die ander kant, in BGI SARS-CoV-2-opsporing, is die persentasie ORF1a/b-geen met 'n hoë Ct-waarde (>36 Ct) 4% (Figuur 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b met высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Aan die ander kant, in die BGI SARS-CoV-2-analise, was die persentasie ORF1a/b-gene met hoë Ct-waardes (>36 Ct) 4% (Fig. 1).
In hierdie studie het ons 164 nasofaringeale monsters geneem. Vir alle tipes toetse is RNA-isolasie en -amplifikasie uitgevoer met behulp van die metodes en stelle wat deur die onderskeie vervaardigers aanbeveel word.
Hierdie studie het getoon dat Abbott se toets vir SARS-CoV-2 dieselfde opsporingsprestasie as CRS het, met 100% positiewe, negatiewe en algehele ooreenstemming. Cohen se kappa-ooreenkoms is 1.00, wat volle ooreenstemming met CRS aandui. 'n Soortgelyke studie deur die Universiteit van Washington in die VSA het bevind dat die algehele sensitiwiteit en spesifisiteit van die Abbott-toets vir SARS-CoV-2 onderskeidelik 93% en 100% was, in vergelyking met die laboratoriumbepaalde toets (LDA) van die CDC. 11. Die Abbott SARS-CoV-2-opsporingstelsel is gebaseer op die gelyktydige gekombineerde opsporing van die N- en RdRp-gene, aangesien beide gene meer sensitief is, wat vals negatiewe tot die minimum beperk12. 'n Studie in Wene, Oostenryk, het ook getoon dat groot ekstraksiemonstervolumes en opsporingseluentvolumes verdunningseffekte tot die minimum beperk en opsporingsdoeltreffendheid verhoog13. Dus kan Abbott se perfekte pasmaat vir die SARS-CoV-2-toets geassosieer word met 'n platformopsporingstelsel wat gelyktydig kombinatoriese gene opspoor, 'n groot aantal monsters (0.5 ml) ekstraheer en 'n groot hoeveelheid eluent (40 µl) gebruik.
Ons resultate het ook getoon dat die opsporingsprestasie van die Daan-genetiese toets amper dieselfde was as dié van CRS. Dit stem ooreen met 'n studie14 wat by die Anhui Universiteit in Huainan, China, uitgevoer is, en die vervaardiger se bewering van 100% positiewe ooreenstemming. Ten spyte van verslae van konsekwente resultate, was een monster vals negatief na hertoetsing van dieselfde eluaat, maar was positief in die Abbott SARS-CoV-2 en Sansure Biotech nCoV-2019 toetse. Dit dui daarop dat daar wisselvalligheid in resultate oor verskillende tipes toetse kan wees. Nietemin, in die studie wat in China15 uitgevoer is, was die resultaat van die Daan Gene-toets beduidend anders (p < 0.05) in vergelyking met hul laboratoriumgedefinieerde verwysingstoets. Nietemin, in die studie wat in China15 uitgevoer is, was die resultaat van die Daan Gene-toets beduidend anders (p < 0.05) in vergelyking met hul laboratoriumgedefinieerde verwysingstoets. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. In 'n studie in China15 was Daan Gene se ontledingsresultaat egter beduidend anders (p < 0.05) as hul laboratoriumverwysingsanalise.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в Китае15 (p < 0,05) его эталонным лабораторным тестом. In 'n studie in China15 was die resultate van Daan se genetiese toets egter beduidend anders (p < 0.05) in vergelyking met die verwysingslaboratoriumtoets.Hierdie teenstrydigheid kan wees as gevolg van die sensitiwiteit van die verwysingstoets om SARS-CoV-2 op te spoor, en verdere studies kan belangrik wees om die oorsaak te bepaal.
Daarbenewens het ons studie die vergelykende prestasie van die SARS-CoV-2 BGI-toets met CRS geëvalueer, wat uitstekende positiewe persentasie-ooreenkoms (PPA = 97.9%), negatiewe persentasie-ooreenkoms (NPA = 100%), en algehele persentasie-ooreenkoms volgens geslag (OPA) toon. ). = 98.8%). Cohen se Kappa-waardes het goeie ooreenstemming getoon (K = 0.975). Studies in Nederland16 en China15 het konsekwente resultate getoon. Die SARS-CoV-2 BGI-toets is 'n enkelgeen (ORF1a/b) opsporingstoets wat 10 µl amplifikasie-/opsporingseluaat gebruik. Ten spyte van goeie statistiese ooreenstemming met ons verwysingsresultate, het die analise twee positiewe monsters (1.22%) van die totale monster gemis. Dit kan groot kliniese implikasies hê vir transmissiedinamika op beide pasiënt- en gemeenskapsvlak.
Nog 'n vergelykende analise wat in hierdie studie ingesluit is, was die Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO)-toets; die algehele ooreenstemmingspersentasie was 96,3%. Die sterkte van ooreenstemming is ook bepaal deur die Cohen se Kappa-waarde, wat 0,925 was, wat volle ooreenstemming met die CRS aandui. Weereens is ons resultate identies aan studies wat by die Central South Universiteit in Changsha, China, en by die Kliniese Laboratoriumafdeling van die Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China, uitgevoer is. Alhoewel die bogenoemde goeie statistiese ooreenstemming aangeteken is, het die chi-kwadraattoets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil in vergelyking met CRS (p < 0.005) gehad het. Alhoewel die bogenoemde goeie statistiese ooreenstemming aangeteken is, het die chi-kwadraattoets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil in vergelyking met CRS (p < 0.005) gehad het. Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, кридетерикий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие op сравнению с CRS (p05 < 0,0). Alhoewel die goeie statistiese ooreenstemming hierbo aangeteken is, het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil gehad het in vergelyking met die CRS (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0.005。。。。。。。。。。。。。〉。。。。。〼。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) анализом Sansure Biotech en CRS. Ten spyte van die goeie statistiese ooreenstemming wat hierbo genoem is, het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) 'n statisties beduidende verskil (p < 0.005) tussen die Sansure Biotech-toets en die CRS getoon.Ses monsters (3.66%) is as vals negatiewe bevind in vergelyking met CRS (Aanvullende Tabel 1); dit is baie belangrik, veral gegewe die dinamika van oordrag van die virus. Bogenoemde data ondersteun ook hierdie lae opsporingskoers15.
In hierdie studie is Ct-waardes vir elke toets en onderskeie platform bepaal, met die laagste gemiddelde Ct-waarde wat in die Abbott SARS-CoV-2-toets gerapporteer is. Hierdie resultaat kan verband hou met Abbott se gelyktydige gekombineerde genetiese toetsstelsel vir die opsporing van SARS-CoV-2. Daarom, volgens Figuur 1, het 87.6% van Abbott SARS-CoV-2-resultate Ct-waardes onder 20 gehad. Slegs 'n klein aantal monsterresultate (12.4%) was in die 20-30-reeks. Ct-waardes bo 30 is nie aangeteken nie. Benewens Abbott se gebruik van die SARS-CoV-2-paneel genetiese toetsformaat, kan hierdie resultaat verband hou met die onderste opsporingslimiet (32.5 RNA-kopieë/ml)18, wat drie keer laer is as die maatskappy se onderste limiet van 100 RNA-kopieë/ml)19.
Hierdie studie het 'n paar beperkings: eerstens het ons nie standaard-/verwysingsmetodes [soos virale lading of ander laboratoriumtoetse (LDA)] nie weens 'n gebrek aan hulpbronne. Tweedens, alle monsters wat in hierdie studie gebruik is, was nasofaringeale deppers, terwyl die resultate nie van toepassing was op ander monstertipes nie, en derdens, ons steekproefgrootte was klein.
Hierdie studie het die werkverrigting van vier rRT-PCR-toetse vir SARS-CoV-2 met behulp van nasofaryngeale monsters vergelyk. Alle opsporingstoetse het byna vergelykbare werkverrigting gehad, met die uitsondering van die Sansure Biotech-toets. Daarbenewens is die lae positiwiteitskoers in die Sansure Biotech-toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (p < 0.05). Daarbenewens is die lae positiwiteitskoers in die Sansure Biotech-toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech het 'n nie-gesonde projek wat gebruik word deur middel van CRS (p < 0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech-toets 'n lae persentasie positiewe resultate getoon in vergelyking met CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech-toets 'n laer positiwiteitskoers gehad in vergelyking met CRS (p < 0.05).Die Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analise van PPA, NPA en algehele ooreenstemming het 93.5% oorskry met 'n Cohen Kappa-sterkte van ooreenstemmingswaarde van 0.925. Laastens benodig die Sansure Biotech Assay (RUO) verdere validering vir gebruik in Ethiopië, en addisionele navorsing moet oorweeg word om bewerings van individuele vervaardigers te evalueer.
Vergelykende studie-ontwerp is uitgevoer by vier gesondheidsfasiliteite in Addis Abeba, Eka Kotebe-hospitaal, Millennium Church-behandelingsentrum, Zewooditu-gedenkhospitaal en St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Die data is tussen 1 en 31 Desember 2020 ingesamel. Die mediese fasiliteite vir hierdie studie is doelbewus gekies op grond van hul hoë aantal gevalle en die beskikbaarheid van groot behandelingsentrums in die stad. Net so is instrumente, insluitend die ABI 7500 en Abbott m2000 intydse PCR-instrumente, gekies volgens die aanbevelings van die NAAT-reagensvervaardigers, en vier PCR-opsporingstelle is vir hierdie studie gekies, aangesien die meeste laboratoriums in Ethiopië ten minste vier daarvan gebruik het. Geentoets, Abbott SARS-CoV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-CoV-2 BGI-toets wat tydens die studie uitgevoer is.
Toetsing vir SARS-CoV-2 is uitgevoer van 1 tot 30 Desember 2020 met behulp van 3 ml Virale Transportmedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) van individue wat ondersoek is vir COVID-19 en na EPHI verwys is. Nasofaryngeale monsters is deur opgeleide monsterversamelaars versamel en in driedubbele pakke na EPHI gestuur. Voor nukleïensuur-isolasie word elke monster 'n unieke identifikasienommer toegeken. Ekstraksie word onmiddellik na aankoms uit elke monster uitgevoer met behulp van handmatige en outomatiese ekstraksiemetodes. Dus, vir die outomatiese ekstraksie van Abbott m2000, is 1.3 ml (insluitend 0.8 ml dooie volume en 0.5 ml ekstraksie-inlaatvolume) van die monster uit elke monster geëkstraheer en deur die Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, VSA) gegaan. ) 'n Bondel van 96 [92 monsters, twee opsporingskontroles en twee nie-sjabloonkontroles (NTC)] is ingesluit in die algehele proses (herwinning en opsporing) van twee rondes SARS-CoV-2 (EUA) intyds. Gebruik ook dieselfde monsters vir handmatige ekstraksie (vir outomatiese ekstraksie en ontdekking). Dus, dwarsdeur die proses, is 140 µl monsters verdeel en geëkstraheer met behulp van die QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Duitsland) in bondels van 24 (insluitend 20 monsters, twee toetskontroles en twee NTC's) oor nege rondes. Handmatig geëkstraheerde eluate is versterk en opgespoor met behulp van 'n ABI 7500 termiese sikleerder met behulp van die SARS-CoV-2 BGI-toets, Daan Gene-toets en Sansure Biotech-toets.
Outomatiese isolasie en suiwering van SARS-CoV-2 virale RNA volg die magnetiese kraalbeginsel met behulp van Abbott DNA-monstervoorbereidingsreagense. Inaktivering van monsters en oplosbaarheid van virale deeltjies word uitgevoer met behulp van 'n skoonmaakmiddel wat guanidien-isotiosianaat bevat om die proteïen te denatureer en RNase te inaktiveer. Die RNA word dan van die proteïen geskei deur vastefaseskeiding met behulp van silika, d.w.s. die guanidiniumsout en die alkaliese pH van die lisebuffer bevorder die binding van die nukleïensure aan die silika (SiO2). Die spoelstap verwyder oorblywende proteïene en puin om 'n helder oplossing te produseer. Deursigtige RNA word geïsoleer van silika-gebaseerde mikrodeeltjies met behulp van die instrument se magnetiese veld20,21. Aan die ander kant word handmatige isolasie en suiwering van RNA uitgevoer deur die spinkolommetode met behulp van sentrifugering in plaas van 'n magnetiese staander en skeiding van mikrodeeltjies van die eluent.
Die Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Deteksietoets (Abbott Molecular, Inc.) is uitgevoer volgens die vervaardiger se instruksies, wat EUA19,22 van die WGO en FDA ontvang het. In hierdie protokol is monsterinaktivering voor ekstraksie in 'n waterbad by 56 °C vir 30 minute uitgevoer. Na virusinaktivering is nukleïensuurekstraksie op 'n Abbott m2000 SP-instrument vanaf 0.5 ml VTM uitgevoer met behulp van 'n Abbott m2000 DNA-monstervoorbereidingstelsel, volgens die vervaardiger. Amplifikasie en deteksie is uitgevoer met behulp van 'n Abbott m2000 RT-PCR-instrument, en dubbele deteksie is uitgevoer vir die RdRp- en N-gene. ROX) en VIC P (eie kleurstof) vir die teikenstelling en deteksie van interne kontroles, wat gelyktydige deteksie van beide amplifikasieprodukte moontlik maak 19.
Die amplifikasiedeteksiemetode van hierdie stel is gebaseer op eenstap-RT-PCR-tegnologie. Die ORF1a/b- en N-gene is deur Daan Gene Technology as gekonserveerde streke gekies om teikenstreek-amplifikasie op te spoor. Spesifieke primers en fluorescerende probes (N-geenprobes gemerk met FAM, ORF1a/b-probes gemerk met VIC) is ontwerp om SARS-CoV-2 RNA in monsters op te spoor. Die finale eluent en meestermengsels is voorberei deur 5 µl eluent by 20 µl van die meestermengsel te voeg tot 'n finale volume van 25 µl. Amplifikasie en deteksie is gelyktydig op 'n ABI 750024 intydse PCR-instrument uitgevoer.
Die ORF1a/b- en N-gene is opgespoor met behulp van die Sansure Biotech nCoV-2019 Nukleïensuur Diagnostiese Stel (fluoreserende PCR-opsporing). Berei spesifieke probes vir elke teikengeen voor deur die FAM-kanaal vir die ORF1a/b-streek en die ROX-kanaal vir die N-geen te kies. Eluent en meestermengselreagense word soos volg by hierdie toetsstel gevoeg: berei 30 µl meestermengselreagens en 20 µl geëlueerde monster voor vir opsporing/amplifikasie. Real-time PCR ABI 750025 is gebruik vir amplifikasie/opsporing.
Die SARS-CoV-2 BGI-toets is 'n fluorescerende intydse rRT-PCR-stel vir die diagnose van COVID-19. Die teikengebied is geleë in die ORF1a/b-gebied van die SARS-CoV-2-genoom, wat 'n enkelgeendeteksiemetode is. Daarbenewens is die menslike huishoudingsgeen β-aktien 'n intern gereguleerde teikengeen. Die meestermengsel word voorberei deur 20 µl van die meestermengselreagens en 10 µl van die geëkstraheerde RNA-monster in 'n putplaat te meng26. 'n ABI 7500 fluorescerende kwantitatiewe intydse PCR-instrument is gebruik vir amplifikasie en deteksie. Alle nukleïensuuramplifikasie, PCR-looptoestande vir elke toets en interpretasie van resultate is uitgevoer volgens die onderskeie vervaardiger se instruksies (Tabel 3).
In hierdie vergelykende analise het ons nie die verwysingsstandaardmetode gebruik om persentasie-ooreenkoms (positief, negatief en algeheel) en ander vergelykingsparameters vir die vier analises te bepaal nie. Elke toetsvergelyking is met CRS gedoen, in hierdie studie is die CRS gestel deur die reël "enige positief" en die resultaat is bepaal, nie deur 'n enkele toets nie, ons het ten minste twee ooreenstemmende toetsresultate gebruik. Boonop, in die geval van COVID-19-oordrag, is vals negatiewe resultate gevaarliker as vals positiewe resultate. Om dus so akkuraat moontlik "positief" uit 'n CRS-resultaat te sê, moet ten minste twee toetstoetse positief wees, wat beteken dat ten minste een positiewe resultaat waarskynlik van 'n EUA-toets sal kom. Dus, uit vier toetsresultate, word twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat gee as waar positief of negatief beskou18,27.
Data is ingesamel met behulp van gestruktureerde data-onttrekkingsvorms, data-invoer en -analise is uitgevoer met behulp van Excel statistiese sagteware en SPSS weergawe 23.0 vir beskrywende statistieke. Positiewe, negatiewe en algehele persentasie-ooreenkoms is geanaliseer, en 'n Kappa-telling is gebruik om die mate van ooreenstemming van elke metode met CRS te bepaal. Kappa-waardes word soos volg geïnterpreteer: 0.01 tot 0.20 vir ligte ooreenstemming, 0.21 tot 0.40 vir algemene ooreenstemming, 0.41-0.60 vir matige ooreenstemming, 0.61-0.80 vir groot ooreenstemming en 0.81-0.99 vir volledige ooreenstemming28.
Etiese goedkeuring is verkry van die Universiteit van Addis Abeba en alle eksperimentele protokolle vir hierdie studie is goedgekeur deur die Wetenskaplike Etiek-hersieningsraad van die Ethiopiese Openbare Gesondheidsinstituut. Die verwysingsnommer vir die EPHI-etieklisensie is EPHI/IRB-279-2020. Alle metodes is toegepas in ooreenstemming met die aanbevelings en bepalings van die Ethiopiese Nasionale Omvattende Riglyne vir die Behandeling van COVID-19. Daarbenewens is skriftelike ingeligte toestemming van alle studiedeelnemers verkry voor deelname aan die studie.
Alle data wat in hierdie studie verkry of geanaliseer is, is in hierdie gepubliseerde artikel ingesluit. Data wat die resultate van hierdie studie ondersteun, is op redelike versoek van die onderskeie outeur beskikbaar.
Wêreldgesondheidsorganisasie. Aanbevelings vir laboratoriumtoetsstrategieë vir COVID-19: Tussentydse riglyne, 21 Maart 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 slim diagnose in die Noodafdeling: Alles in die Praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 slim diagnose in die Noodafdeling: Alles in die Praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI Intelligente diagnose van COVID-19 in die noodafdeling: alles in die praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis KI Intelligente diagnose van COVID-19 in noodafdelings: end-tot-end integrasie in die praktyk. Expert Eerwaarde Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOW EUA-toets. Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOW EUA-toets.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOW EUA-toets.Mitchell SL en St. George K. Evaluering van die COVID19 ID NOW EUA-toets. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WGO. Laboratoriumopsporing van koronavirussiekte 2019 (COVID-19) in vermeende menslike siektes. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (besoek op 15 Augustus 2020) (WGO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 Diagnose: Siektes en Toetsinstrumente. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Stigting van die Kollege van Patoloë van Oos-, Sentraal- en Suider-Afrika – Streekskool vir Patologie van die Midde-Ooste en Suid-Afrika. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Ethiopiese Instituut vir Openbare Gesondheid, Federale Ministerie van Gesondheid. Tussentydse Nasionale Strategie en Leidraad vir Laboratoriumdiagnose van COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (besoek op 12 Augustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vals negatiewe toetse vir SARS-CoV-2 infeksie uitdagings en implikasies. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vals negatiewe toetse vir SARS-CoV-2 infeksie uitdagings en implikasies.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Vals-negatiewe toetse vir SARS-CoV-2-infeksies en die gevolge daarvan.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Vals-negatiewe toetse vir provokasie en die impak van SARS-CoV-2-infeksie. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe COVID-19 gevalle: Respiratoriese voorkoming en bestuurstrategieë, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe COVID-19 gevalle: Respiratoriese voorkoming en bestuurstrategieë, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS en Gourgoulianis, KI . вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals positiewe en vals negatiewe gevalle van COVID-19: respiratoriese voorkoming en behandelingstrategieë, inenting en die pad vorentoe.Muliu, DS en Gurgulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe gevalle van COVID-19: strategieë vir respiratoriese voorkoming en behandeling, inenting en die pad vorentoe. Expert Eerwaarde Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose in die noodafdeling: Die boom sien, maar die woud verloor. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose in die noodafdeling: Die boom sien, maar die woud verloor.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. COVID-19 Diagnose in die Noodafdeling: Sien die Boom, Verloor die Bos.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. COVID-19 Diagnose in Noodkamers: Nie Genoeg Bos vir die Bome nie. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering en Validering van die Analitiese en Kliniese Prestasie van die Abbott RealTime SARS-CoV-2-Toets. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van vyf stelle primers van verskillende genoomstreke van COVID-19 vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van vyf stelle primers van verskillende genoomstreke van COVID-19 vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Vergelyking van vyf stelle primers van verskillende streke van die COVID-19-genoom vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van 5 verskillende genetiese streke van COVID-19 vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Vergelyking van vyf stelle primers van verskillende streke van die COVID-19-genoom vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologie. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Voorlopige resultate van die nasionale eksterne kwaliteitsassesseringsprogram vir die opsporing van SARS-CoV-2-genoomvolgordes. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitiese evaluering van die doeltreffendheid van vyf RT-PCR-stelle vir ernstige akute respiratoriese sindroom-koronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluering van sewe kommersieel beskikbare SARS-CoV-2 RNA-opsporingstelle in China gebaseer op intydse polimerase-kettingreaksie (PCR). klinies. Chemies. laboratorium. medisyne. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Vergelyking van sewe kommersiële RT-PCR COVID-19 diagnostiese stelle. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Vergelyking van diagnostiese prestasie van twee PCR-stelle vir die opsporing van SARS-CoV-2-nukleïensure. J. Clinical. laboratorium. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ens. 'n Vergelykende studie van vier SARS-CoV-2 nukleïensuur-amplifikasietoets (NAAT) platforms het getoon dat ID NOW se werkverrigting aansienlik verswak het, afhangende van die pasiënt en monstertipe. diagnose. mikrobiologie. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott-molekule. Abbott intydse SARS-CoV-2-analise-pakketbylaag. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Vanaf 10 Augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolasie met behulp van magnetiese krale vir vinnige grootskaalse opsporing deur RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Plasingstyd: 8 Desember 2022
Privaatheidsinstellings