Uitvoering van vier nukleïensuur-amplifikasietoetse om SARS-CoV-2 in Ethiopië te identifiseer

Dankie dat jy Nature.com besoek het. Jy gebruik 'n blaaierweergawe met beperkte CSS-ondersteuning. Vir die beste ervaring, beveel ons aan dat jy 'n opgedateerde blaaier gebruik (of versoenbaarheidsmodus in Internet Explorer deaktiveer). Daarbenewens, om deurlopende ondersteuning te verseker, wys ons die webwerf sonder style en JavaScript.
Vertoon 'n karrousel van drie skyfies gelyktydig. Gebruik die Vorige en Volgende-knoppies om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg, of gebruik die skuifknoppies aan die einde om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg.
Sedert die 2019-koronavirussiekte (COVID-19)-uitbraak, is baie kommersiële nukleïensuur-amplifikasietoetse (NAAT's) regoor die wêreld ontwikkel en het standaardtoetse geword. Alhoewel verskeie toetse vinnig ontwikkel en toegepas is op laboratoriumdiagnostiese toetse, is die prestasie van hierdie toetse nie in 'n verskeidenheid instellings geëvalueer nie. Daarom was hierdie studie daarop gemik om die prestasie van die Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- en Sansure Biotech-toetse te evalueer deur gebruik te maak van die saamgestelde verwysingstandaard (CRS). Die studie is van 1 tot 30 Desember 2020 by die Ethiopian Public Health Institute (EPHI) uitgevoer. 164 nasofaryngeale monsters is met behulp van die QIAamp RNA-ministel en die Abbott DNA-monstervoorbereidingstelsel onttrek. Van 164 monsters was 59.1% positief en 40.9% negatief vir CRS. Sansure Biotech-positiwiteit was betekenisvol laag in vergelyking met CRS (p < 0.05). Sansure Biotech-positiwiteit was betekenisvol laag in vergelyking met CRS (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech kan nie met CRS gebruik word nie (p < 0,05). Sansure Biotech se positiewe resultate was aansienlik laer in vergelyking met CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech het baie goeie resultate met CRS (p < 0,05). Sansure Biotech het aansienlik minder positiewe resultate gehad in vergelyking met CRS (p < 0.05).Die algehele ooreenstemming van die vier ontledings was 96.3–100% in vergelyking met CRS. Benewens die lae positiwiteitsyfer van die Sansure Biotech-toets, was die prestasie van die vier toetse byna vergelykbaar. As sodanig vereis die Sansure Biotech [Slegs Navorsing (RUO)]-toets bykomende bekragtiging vir die gebruik daarvan in Ethiopië. Laastens moet addisionele navorsing oorweeg word om toetse met toepaslike vervaardiger se aansprake te evalueer.
Laboratoriumtoetse is deel van die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) se strategiese plan vir koronavirussiekte 2019 (COVID-19) paraatheid en reaksie (SPRP). Die WGO beveel aan dat lande laboratoriumkapasiteit moet bou om paraatheid, behoorlike sakebestuur, waaksaamheid en vinnige reaksie op openbare gesondheidsuitdagings te verbeter. Dit dui daarop dat die rol van die laboratorium die sleutel is om die siekte en epidemiologie van opkomende aansteeklike middels te karakteriseer en die verspreiding daarvan te beheer.
Die diagnose van COVID-19 vereis epidemiologiese en mediese inligting, persoonlike simptome/tekens, en radiografiese en laboratoriumdata2. Sedert die COVID-19-uitbreking in Wuhan, China, aangemeld is, is baie kommersiële nukleïensuurversterkingstoetse (NAAT's) regoor die wêreld ontwikkel. Intydse omgekeerde transkripsie-polimerase-kettingreaksie (rRT-PCR) is gebruik as 'n roetine en standaardmetode vir laboratoriumdiagnose van ernstige akute respiratoriese sindroom 2 (SARS-CoV-2)3-infeksie. Molekulêre opsporing van SARS-CoV-2 is tipies gebaseer op die N (nukleokapsied proteïen geen), E (omhulsel proteïen geen), en RdRp (RNA-afhanklike RNA polimerase geen) gene in ORF1a/b (oop leesraam 1a/b). geen) streek geïdentifiseer vanaf die virale genoom. Hulle word beskou as die belangrikste bewaarde streke wat in virale genome gevind word vir virusherkenning4. Onder hierdie gene het die RdRp- en E-gene hoë analitiese opsporingsensitiwiteit, terwyl die N-geen lae analitiese sensitiwiteit het5.
Die werkverrigting van PCR-toetse kan wissel na gelang van verskeie faktore soos: ekstraksie-reagense, amplifikasie/detectie-reagense, ekstraksiemetode, kwaliteit van die PCR-masjien en ander instrumente. Vanaf April 2020 het meer as 48 verskillende diagnostiese toestelle uit nege lande noodgebruikmagtiging (EUA) vir COVID-196-diagnostiek ontvang. In Ethiopië word meer as 14 intydse PCR-platforms gebruik vir PCR-opsporing van SARS-CoV-2 by 26 openbare gesondheidsinstellings, insluitend ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 en Quant-studio7. Daarbenewens is verskeie PCR-toetsstelle beskikbaar, soos Daan Gene-toets, Abbott SARS-CoV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-CoV-2 BGI-toets. Alhoewel rRT-PCR hoogs sensitief is, rapporteer sommige pasiënte met COVID-19 vals negatiewe resultate as gevolg van onvoldoende kopieë van virale ribonukleïensuur (RNA) in monsters as gevolg van onbehoorlike versameling, vervoer, berging en hantering, en laboratoriumtoetse. voorwaardes en optrede van personeel8. Daarbenewens kan monster of beheer verkeerde hantering, siklus drempel (Ct) instelling en kruisreaktiwiteit met ander patogene nukleïensure of onaktiewe/residuele SARS-CoV-2 RNA lei tot vals positiewe resultate in rRT-PCR9 toetse. Dit is dus duidelik dat PKR-toetse inderdaad draers van geenfragmente kan identifiseer, aangesien hulle nie eers kan onderskei tussen werklik aktiewe virale gene nie, dus kan die toetse slegs draers identifiseer en nie pasiënte nie10. Daarom is dit belangrik om diagnostiese prestasie te assesseer deur gebruik te maak van standaardmetodes in ons omgewing. Alhoewel baie NAAT-reagense by die Ethiopiese Openbare Gesondheidsinstituut (EPHI) en regoor die land beskikbaar is, is geen vergelykende evaluering van hul doeltreffendheid nog aangemeld nie. Daarom was hierdie studie daarop gemik om die vergelykende prestasie van kommersieel beskikbare kits vir die opsporing van SARS-CoV-2 deur rRT-PCR met behulp van kliniese monsters te evalueer.
Altesaam 164 deelnemers met vermoedelik COVID-19 is by hierdie studie ingesluit. Die meerderheid monsters was van behandelingsentrums (118/164 = 72%), terwyl die oorblywende 46 (28%) deelnemers van nie-behandelingsentrums was. Onder deelnemers wat nie by die sentrum behandel is nie, het 15 (9.1%) klinies verdagte gevalle gehad en 31 (18.9%) het kontakte van bevestigde gevalle gehad. Drie-en-negentig (56.7%) deelnemers was manlik, en die gemiddelde (± SD) ouderdom van die deelnemers was 31.10 (± 11.82) jaar.
In hierdie studie is positiewe en negatiewe koerse van vier toetse vir COVID-19 bepaal. Die positiewe koerse van die Abbott SARS-CoV-2-toets, Daan Gene 2019-nCoV-toets, SARS-CoV-2 BGI-toets en Sansure Biotech 2019-nCoV-toets was onderskeidelik 59,1%, 58,5%, 57,9% en 55,5%. Die positiewe en negatiewe saamgestelde verwysingstandaard (CRS) tellings was onderskeidelik 97 (59.1%) en 67 (40.9%) (Tabel 1). In hierdie studie is die definisie van CRS gebaseer op die "enige positiewe" reël, waarvolgens uit vier toetsresultate, twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat gegee het, as waar positief of negatief beskou is.
In hierdie studie het ons 'n negatiewe persentasie-ooreenkoms (NVG) van 100% (95% CI 94.6–100) gevind vir alle ontledings in vergelyking met CRS. Die Sansure Biotegnologie-analise het 'n minimale PPA van 93,8% (95% CI 87,2-97,1) getoon en die Daan Gene 2019-nCoV-analise het 'n algehele ooreenkoms van 99,4% (95% CI 96,6-99,9) gehad. Daarteenoor was algehele ooreenkoms tussen die SARS-CoV-2 BGI-toets en die Sansure Biotech 2019-nCoV-toets onderskeidelik 98,8% en 96,3% (Tabel 2).
Cohen se kappa-koëffisiënt van ooreenstemming tussen CRS en Abbott SARS-CoV-2-toetsresultate was ten volle konsekwent (K = 1.00). Net so is Cohen se kappa-waardes wat deur Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI en Sansure Biotech 2019-nCoV opgespoor is ook ten volle in ooreenstemming met CRS (K ≥ 0,925). In hierdie vergelykende analise het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) getoon dat die Sansure Biotech 2019-nCoV-toetsresultate aansienlik verskil van die CRS-resultate (p = 0,031) (Tabel 2).
Soos getoon in Fig.1 die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) van Abbott SARS-CoV-2-toets (gekombineerde RdRp- en N-geen) was 87.6% en ORF1a/b geen Ct-waarde van Sansure Biotech 2019-nCoV-toets het getoon dat die persentasie lae Ct-waarde (< 50 Ct-waarde en die hoë Ct3%-waarde (< 50 Ct3) was (< 50 Ct. Ct) was 3,2%. 1 die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) van Abbott SARS-CoV-2-toets (gekombineerde RdRp- en N-geen) was 87.6% en ORF1a/b geen Ct-waarde van Sansure Biotech 2019-nCoV-toets het getoon dat die persentasie lae Ct-waarde (< 50 Ct-waarde en die hoë Ct3%-waarde (< 50 Ct3) was (< 50 Ct. Ct) was 3,2%.Soos getoon in Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp en N) составил 87,6 ct. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (36 Ct) составляло 3,2%. 1, was die persentasie van die laagste Ct-waarde (< 20 Ct) ontleding van Abbott SARS-CoV-2 (gekombineerde geen RdRp en N) 87.6%, en die Ct-waarde van ORF1a/b geenanalise van Sansure Biotech 2019-nCoV het getoon dat die persentasie lae Ct-waarde (< 20, Ct-waarde) (< 20, Ct-waarde) verantwoordelik was. (36–40 Ct) het 3,2% uitgemaak.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（< 20% Ctn. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Soos getoon in Figuur 1, is die laagste Ct-waarde-persentasie (< 20 Ct) van Abbott SARS-CoV-2-toets (kombinasie van RdRp- en N-geen) 87.6%, die ORF1a/b geen Ct-waarde van Sansure Biotech 2019-nCoV-toets toon 'n lae Ct值-persentasie (< 50.3%)高Ct 值(36–40 Ct) 的 persentasie is 3,2%. Hoe om te sien op рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентние (2 Ctntное) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Soos in Figuur 1 getoon, het die Abbott SARS-CoV-2-toets (wat die RdRp- en N-gene kombineer) die laagste persentasie Ct-waarde (< 20 Ct) op 87.6% gehad, terwyl die Ct-waarde van die ORF1a/b-geen in die Sansure Biotech 2019-studie – Die ontleding van nCoV het 'n lae CVt getoon. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Die persentasie waardes (< 20 Ct) was 50.3%, en die persentasie hoë Ct-waardes (36–40 Ct) was 3.2%.Die Abbott SARS-CoV-2 B-toets het Ct-waardes bo 30 aangeteken. Aan die ander kant, op die BGI SARS-CoV-2 toets het ORF1a/b geen 'n hoë Ct waarde (> 36 Ct) persentasie was 4% (Fig. 1). Aan die ander kant, op die BGI SARS-CoV-2 toets het ORF1a/b geen 'n hoë Ct waarde (> 36 Ct) persentasie was 4% (Fig. 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого сос. Aan die ander kant, in die ontleding van BGI SARS-CoV-2 geen ORF1a/b het 'n hoë Ct waarde (> 36 Ct), waarvan die persentasie 4% was (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为分毼为 Aan die ander kant, in BGI SARS-CoV-2 opsporing, is die persentasie ORF1a/b geen met 'n hoë Ct waarde (>36 Ct) 4% (Figuur 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b met высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Aan die ander kant, in die BGI SARS-CoV-2-analise, was die persentasie ORF1a/b-gene met hoë Ct-waardes (>36 Ct) 4% (Fig. 1).
In hierdie studie het ons 164 nasofaryngeale monsters geneem. Vir alle tipes toetse is RNA-isolasie en amplifikasie uitgevoer met behulp van die metodes en stelle wat deur die onderskeie vervaardigers aanbeveel word.
Hierdie studie het getoon dat Abbott se toets vir SARS-CoV-2 dieselfde opsporingsprestasie as CRS het, met 100% positiewe, negatiewe en algehele konkordansie. Cohen se kappa-ooreenkoms is 1.00, wat volle ooreenkoms met CRS aandui. ’n Soortgelyke studie deur die Universiteit van Washington in die VSA het bevind dat die algehele sensitiwiteit en spesifisiteit van die Abbott-toets vir SARS-CoV-2 onderskeidelik 93% en 100% was, in vergelyking met die laboratorium-bepaalde toets (LDA) van die CDC. 11. Die Abbott SARS-CoV-2-opsporingstelsel is gebaseer op die gelyktydige gekombineerde opsporing van die N- en RdRp-gene, aangesien beide gene meer sensitief is, wat vals negatiewe12 minimaliseer. 'n Studie in Wene, Oostenryk het ook getoon dat groot ekstraksiemonstervolumes en opsporingsvloeistofvolumes verdunningseffekte tot die minimum beperk en opsporingsdoeltreffendheid verhoog het13. Abbott se perfekte pasmaat vir die SARS-CoV-2-toets kan dus geassosieer word met 'n platform-opsporingstelsel wat gelyktydig kombinatoriese gene opspoor, 'n groot aantal monsters (0,5 ml) onttrek en 'n groot hoeveelheid eluent (40 µl) gebruik.
Ons resultate het ook getoon dat die opsporingsprestasie van die Daan genetiese toets amper dieselfde was as dié van CRS. Dit stem ooreen met 'n studie14 wat by die Anhui Universiteit in Huainan, China, gedoen is, en die vervaardiger se aanspraak van 100% positiewe ooreenkoms. Ten spyte van berigte van konsekwente resultate, was een monster vals negatief nadat dieselfde eluaat hertoets is, maar was positief in die Abbott SARS-CoV-2 en Sansure Biotech nCoV-2019-toetse. Dit dui daarop dat daar verskille in resultate oor verskillende tipes toetse kan wees. Nietemin, in die studie wat in China uitgevoer is15, was die resultaat van die Daan Gene-toets aansienlik verskil (p < 0,05) in vergelyking met hul laboratorium-gedefinieerde verwysingstoets. Nietemin, in die studie wat in China uitgevoer is15, was die resultaat van die Daan Gene-toets aansienlik verskil (p < 0,05) in vergelyking met hul laboratorium-gedefinieerde verwysingstoets. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. In 'n studie in China15 was Daan Gene se ontledingsresultaat egter aansienlik verskil (p < 0,05) van hul laboratoriumverwysingsanalise.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в Китае15 (p < 0,05) его эталонным лабораторным тестом. In 'n studie in China15 was die resultate van Daan se genetiese toets egter aansienlik anders (p < 0,05) in vergelyking met sy verwysingslaboratoriumtoets.Hierdie verskil kan wees as gevolg van die sensitiwiteit van die verwysingstoets om SARS-CoV-2 op te spoor, en verdere studies kan belangrik wees om die oorsaak te bepaal.
Daarbenewens het ons studie die vergelykende prestasie van die SARS-CoV-2 BGI-toets met CRS geëvalueer, met uitstekende positiewe persentasie-ooreenkoms (PPA = 97.9%), negatiewe persentasie-ooreenkoms (NPA = 100%) en algehele persentasie-ooreenkoms volgens geslag (OPA). ). = 98.8%). Cohen se Kappa-waardes het goeie ooreenstemming getoon (K = 0.975). Studies in Nederland16 en China15 het konsekwente resultate getoon. Die SARS-CoV-2 BGI-toets is 'n enkelgeen (ORF1a/b) opsporingstoets wat gebruik maak van 10 µl amplifikasie/deteksie eluaat. Ten spyte van goeie statistiese ooreenstemming met ons verwysingsresultate, het die analise twee positiewe monsters (1.22%) van die totale monster gemis. Dit kan groot kliniese implikasies vir oordragdinamika op beide pasiënt- en gemeenskapsvlak hê.
Nog 'n vergelykende analise wat by hierdie studie ingesluit is, was die Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO)-toets; die algehele wedstrydpersentasie was 96,3%. Die sterkte van ooreenkoms is ook bepaal deur die Cohen se Kappa-waarde, wat 0,925 was, wat volle ooreenkoms met die CRS aandui. Weereens, ons resultate is identies aan studies wat by die Sentrale Suid-Universiteit in Changsha, China, en by die Kliniese Laboratorium-afdeling van Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China, uitgevoer is17. Al is bogenoemde goeie statistiese konkordansie aangeteken, het die chi-kwadraattoets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil in vergelyking met CRS (p < 0,005) gehad het. Al is bogenoemde goeie statistiese konkordansie aangeteken, het die chi-kwadraattoets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil in vergelyking met CRS (p < 0,005) gehad het. Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, кридетерикий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие op сравнению с CRS (p05 < 0,0). Alhoewel die goeie statistiese ooreenkoms hierbo aangeteken is, het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil het in vergelyking met die CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0.005。。。。。。。。。。。。。〉。。。。。〼。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) анализом Sansure Biotech en CRS. Ten spyte van die goeie statistiese ooreenstemming hierbo genoem, het die chi-kwadraattoets (McNemar-toets) 'n statisties beduidende verskil (p < 0,005) tussen die Sansure Biotech-toets en die CRS getoon.Daar is gevind dat ses monsters (3.66%) vals negatiewe is in vergelyking met CRS (Aanvullende Tabel 1); dit is baie belangrik, veral gegewe die dinamika van die oordrag van die virus. Bogenoemde data ondersteun ook hierdie lae opsporingsyfer15.
In hierdie studie is Ct-waardes vir elke toets en onderskeie platform bepaal, met die laagste gemiddelde Ct-waarde wat in die Abbott SARS-CoV-2-toets gerapporteer is. Hierdie resultaat kan verband hou met Abbott se gelyktydige gekombineerde genetiese toetsstelsel vir die opsporing van SARS-CoV-2. Daarom, volgens Figuur 1, het 87.6% van Abbott SARS-CoV-2-resultate Ct-waardes onder 20 gehad. Slegs 'n klein aantal steekproefresultate (12.4%) was in die 20-30-reeks. Ct-waardes bo 30 is nie aangeteken nie. Benewens Abbott se gebruik van die SARS-CoV-2-paneel-genetiese toetsformaat, kan hierdie resultaat verband hou met die laer opsporingslimiet (32,5 RNA-kopieë/ml)18, wat drie keer laer is as die maatskappy se onderste limiet van 100 RNA-kopieë/ml. ml)19.
Hierdie studie het 'n paar beperkings: eerstens, ons het nie standaard-/verwysingsmetodes [soos virale lading of ander laboratoriumtoetse (LDA)] nie weens 'n gebrek aan hulpbronne. Tweedens, alle monsters wat in hierdie studie gebruik is, was nasofaryngeale deppers, terwyl die resultate nie van toepassing was op ander monstertipes nie, en derdens, ons steekproefgrootte was klein.
Hierdie studie het die prestasie van vier rRT-PCR-toetse vir SARS-CoV-2 vergelyk met behulp van nasofaryngeale monsters. Alle opsporingtoetse het byna vergelykbare prestasie gehad, met die uitsondering van die Sansure Biotech-toets. Boonop is die lae positiwiteitsyfer in die Sansure Biotech-toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (p < 0.05). Boonop is die lae positiwiteitsyfer in die Sansure Biotech-toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech het 'n nie-gesonde projek wat gebruik word deur middel van CRS (p < 0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech-toets 'n lae persentasie positiewe resultate getoon in vergelyking met CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech-toets 'n laer positiwiteitsyfer in vergelyking met CRS (p < 0.05).Die Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) ontleding van PPA, NVG en algehele ooreenkoms het 93,5% oorskry met 'n Cohen Kappa sterkte van ooreenkoms waarde van 0,925. Laastens benodig die Sansure Biotech Assay (RUO) verdere validering vir gebruik in Ethiopië, en bykomende navorsing moet oorweeg word om eise van individuele vervaardigers te evalueer.
Vergelykende studie-ontwerp is uitgevoer by vier gesondheidsfasiliteite in Addis Abeba, Eka Kotebe Hospitaal, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital, en St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Die data is tussen 1 en 31 Desember 2020 ingesamel. Die mediese fasiliteite vir hierdie studie is doelgerig gekies op grond van hul hoë aantal gevalle en die beskikbaarheid van groot behandelingsentrums in die stad. Net so is instrumente, insluitend die ABI 7500 en Abbott m2000 intydse PCR-instrumente, gekies volgens die aanbevelings van die NAAT-reagensvervaardigers, en vier PCR-opsporingsstelle is gekies vir hierdie studie, aangesien die meeste laboratoriums in Ethiopië ten minste vier daarvan gebruik het. Geentoets, Abbott SARS-CoV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-CoV-2 BGI-toets wat tydens die studie uitgevoer is).
Toetsing vir SARS-CoV-2 is van 1 tot 30 Desember 2020 uitgevoer met 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) van individue wat ondersoek word vir COVID-19 wat na EPHI verwys is. Nasofaryngeale monsters is deur opgeleide monsterversamelaars versamel en in drievoudige pakke na EPHI gestuur. Voor nukleïensuurisolasie word aan elke monster 'n unieke identifikasienommer toegeken. Onttrekking word uit elke monster uitgevoer onmiddellik met aankoms met behulp van handmatige en outomatiese ekstraksiemetodes. Dus, vir die outomatiese ekstraksie van Abbott m2000, is 1,3 ml (insluitend 0,8 ml dooie volume en 0,5 ml ekstraksie-inlaatvolume) van die monster uit elke monster onttrek en deur die Abbott DNA-monstervoorbereidingstelsel (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, VSA) gevoer. ) ’n Bondel van 96 [92 monsters, twee opsporingkontroles en twee nie-sjabloonkontroles (NTC)] is ingesluit by die algehele proses (herwinning en opsporing) van twee rondtes SARS-CoV-2 (EUA) in reële tyd. mynbou. Net so, vir handmatige onttrekking, gebruik dieselfde monsters (vir outomatiese onttrekking en ontdekking). Dus, deur die hele proses, is 140 µl monsters verdeel en onttrek met behulp van die QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Duitsland) in groepe van 24 (insluitend 20 monsters, twee toetskontroles en twee NTC's) oor nege rondtes. Met die hand onttrekte eluate is geamplifiseer en opgespoor met behulp van 'n ABI 7500 termiese siklusmasjien met behulp van SARS-CoV-2 BGI-toets, Daan Gene-toets en Sansure Biotech-toets.
Outomatiese isolasie en suiwering van SARS-CoV-2 virale RNA volg die magnetiese kraalbeginsel deur gebruik te maak van Abbott DNA-monstervoorbereidingsreagense. Inaktivering van monsters en solubilisering van virale deeltjies word uitgevoer met behulp van 'n skoonmaakmiddel wat guanidien isothiocyanate bevat om die proteïen te denatureer en RNase te inaktiveer. Die RNA word dan van die proteïen geskei deur vastefaseskeiding deur silika te gebruik, dws die guanidiniumsout en die alkaliese pH van die lisisbuffer bevorder binding van die nukleïensure aan die silika (SiO2). Die spoelstap verwyder oorblywende proteïene en puin om 'n helder oplossing te produseer. Deursigtige RNA word uit silika-gebaseerde mikrodeeltjies geïsoleer deur die instrument se magnetiese veld20,21 te gebruik. Aan die ander kant word handmatige isolasie en suiwering van RNA uitgevoer deur die spinkolommetode deur middel van sentrifugering in plaas van 'n magnetiese staander en skeiding van mikropartikels van die eluent.
Die Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) is uitgevoer volgens die vervaardiger se instruksies, wat EUA19,22 van die WGO en FDA ontvang het. In hierdie protokol, is monster inaktivering voor ekstraksie uitgevoer in 'n waterbad by 56 ° C vir 30 min. Na virus-inaktivering is nukleïensuur-ekstraksie op 'n Abbott m2000 SP-instrument vanaf 0.5 ml VTM uitgevoer met behulp van 'n Abbott m2000 DNA-monstervoorbereidingstelsel. volgens die vervaardiger. Amplifikasie en opsporing is uitgevoer met behulp van 'n Abbott m2000 RT-PCR instrument, en dubbele opsporing is uitgevoer vir die RdRp en N gene. ROX) en VIC P (eie kleurstof) vir die teiken en opsporing van interne beheermaatreëls, wat gelyktydige opsporing van beide amplifikasieprodukte moontlik maak 19 .
Die amplifikasie opsporing metode van hierdie kit is gebaseer op een-stap RT-PCR tegnologie. Die ORF1a/b- en N-gene is deur Daan Gene Tegnologie as gekonserveerde streke geselekteer om teikengebied-amplifikasie op te spoor. Spesifieke primers en fluoresserende probes (N geen probes gemerk met FAM, ORF1a/b probes gemerk met VIC) is ontwerp om SARS-CoV-2 RNA in monsters op te spoor. Die finale eluent en meestermengsels is voorberei deur 5 µl eluent by 20 µl van die meestermengsel te voeg tot 'n finale volume van 25 µl. Amplifikasie en opsporing is gelyktydig op 'n ABI 750024 intydse PCR-instrument uitgevoer.
Die ORF1a/b- en N-gene is opgespoor met behulp van die Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluoresserende PCR-opsporing). Berei spesifieke probes vir elke teikengeen voor deur die FAM-kanaal vir die ORF1a/b-streek en die ROX-kanaal vir die N-geen te kies. By hierdie toetsstel word eluent en meestermengselreagense soos volg gevoeg: berei 30 µl meestermengselreagens en 20 µl geëlueerde monster voor vir opsporing/amplifikasie. Intydse PCR ABI 750025 is gebruik vir versterking/opsporing.
Die SARS-CoV-2 BGI-toets is 'n fluoresserende intydse rRT-PCR-stel vir die diagnose van COVID-19. Die teikengebied is geleë in die ORF1a/b-streek van die SARS-CoV-2-genoom, wat 'n enkelgeen-opsporingsmetode is. Daarbenewens is die menslike huishoudingsgeen β-aktien 'n intern gereguleerde teikengeen. Die meestermengsel word voorberei deur 20 µl van die meestermengselreagens en 10 µl van die onttrekte RNA-monster in 'n putplaat te meng26. 'n ABI 7500 fluoresserende kwantitatiewe intydse PCR-instrument is gebruik vir amplifikasie en opsporing. Alle nukleïensuuramplifikasie, PCR-lopietoestande vir elke toets en interpretasie van resultate is volgens die onderskeie vervaardiger se instruksies uitgevoer (Tabel 3).
In hierdie vergelykende analise het ons nie die verwysingstandaardmetode gebruik om persentasie-ooreenkoms (positief, negatief en algeheel) en ander vergelykingsparameters vir die vier ontledings te bepaal nie. Elke toetsvergelyking is met CRS gedoen, in hierdie studie is die CRS gestel deur die reël "enige positief" en die resultaat is bepaal, nie deur 'n enkele toets nie, ons het ten minste twee ooreenstemmende toetsresultate gebruik. Boonop, in die geval van COVID-19-oordrag, is vals negatiewe resultate gevaarliker as vals positiewe resultate. Om dus "positief" so akkuraat as moontlik uit 'n CRS-resultaat te sê, moet ten minste twee toetstoetse positief wees, wat beteken dat ten minste een positiewe resultaat waarskynlik van 'n EUA-toets sal kom. Dus, uit vier toetsresultate, word twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat gee as waar positief of negatief beskou18,27.
Data is ingesamel deur gebruik te maak van gestruktureerde data-onttrekkingsvorms, data-invoer en -analise is uitgevoer met behulp van Excel statistiese sagteware en SPSS weergawe 23.0 vir beskrywende statistiek. Positiewe, negatiewe en algehele persentasie ooreenkoms is ontleed, en 'n Kappa-telling is gebruik om die mate van ooreenkoms van elke metode met CRS te bepaal. Kappa-waardes word soos volg geïnterpreteer: 0.01 tot 0.20 vir ligte ooreenkoms, 0.21 tot 0.40 vir algemene ooreenkoms, 0.41-0.60 vir matige ooreenkoms, 0.61-0.80 vir groot ooreenkoms en 0.81-0.99 vir volledige ooreenkoms28.
Etiese klaring is verkry van die Universiteit van Addis Abeba en alle eksperimentele protokolle vir hierdie studie is deur die Ethiopiese Openbare Gesondheidsinstituut se Wetenskaplike Etiek Hersieningsraad goedgekeur. Die verwysingsnommer vir die EPHI Etieklisensie is EPHI/IRB-279-2020. Alle metodes is toegepas in ooreenstemming met die aanbevelings en bepalings van die Ethiopiese nasionale omvattende riglyne vir die behandeling van COVID-19. Daarbenewens is skriftelike ingeligte toestemming van alle studiedeelnemers verkry voor deelname aan die studie.
Alle data wat in hierdie studie verkry of ontleed is, word in hierdie gepubliseerde artikel ingesluit. Data wat die resultate van hierdie studie ondersteun, is op redelike versoek by die onderskeie outeur beskikbaar.
Wêreld- Gesondheidsorganisasie. Aanbevelings vir laboratoriumtoetsstrategieë vir COVID-19: Tussentydse leiding, 21 Maart 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WGO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 slim diagnose in die Noodafdeling: Alles in die praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 slim diagnose in die Noodafdeling: Alles in die praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI Intelligente diagnose van COVID-19 in die noodafdeling: alles in die praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis KI Intelligente diagnose van COVID-19 in noodafdelings: end-tot-end-integrasie in die praktyk. Deskundige dominee Respire. medisyne. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOU EUA-toets. Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOU EUA-toets.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluering van die COVID19 ID NOU EUA-toets.Mitchell SL en St. George K. Evaluering van die COVID19 ID NOU EUA-toets. J. Klinies. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriumopsporing van koronavirussiekte 2019 (COVID-19) in vermoedelike menslike siekte. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (15 Augustus 2020 geraadpleeg) (WGO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19-diagnose: Siektes en toetsinstrumente. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Stigting van die Kollege van Patoloë van Oos-, Sentraal- en Suider-Afrika – Streeksskool vir Patologie van die Midde-Ooste en Suid-Afrika. Afrika. J. Lab. medisyne. 9(1), 1-8 (2020).
Ethiopiese Instituut vir Openbare Gesondheid, Federale Ministerie van Gesondheid. Tussentydse nasionale strategie en leiding vir laboratoriumdiagnose van COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (12 Augustus 2020 geraadpleeg) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vals negatiewe toetse vir SARS-CoV-2-infeksie-uitdagings en -implikasies. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vals negatiewe toetse vir SARS-CoV-2-infeksie-uitdagings en -implikasies.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Vals-negatiewe toetse vir SARS-CoV-2-infeksies en die gevolge daarvan.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Vals-negatiewe toetse vir provokasie en die impak van SARS-CoV-2-infeksie. N. eng. J. Geneeskunde. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe COVID-19-gevalle: Respiratoriese voorkoming en bestuurstrategieë, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe COVID-19-gevalle: Respiratoriese voorkoming en bestuurstrategieë, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS en Gourgoulianis, KI . вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals positiewe en vals negatiewe gevalle van COVID-19: respiratoriese voorkoming en behandelingstrategieë, inenting en die pad vorentoe.Muliu, DS en Gurgulianis, KI Vals-positiewe en vals-negatiewe gevalle van COVID-19: strategieë vir respiratoriese voorkoming en behandeling, inenting en die pad vorentoe. Deskundige dominee Respire. medisyne. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose in die noodafdeling: Sien die boom maar verloor die woud. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose in die noodafdeling: Sien die boom maar verloor die woud.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. COVID-19 Diagnose in die Noodafdeling: Sien die boom, verloor die bos.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. COVID-19-diagnose in noodkamers: nie genoeg bos vir die bome nie. Verskyn. medisyne. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Bekragtiging en validering van die analitiese en kliniese prestasie van die Abbott RealTime SARS-CoV-2-toets. J. Klinies. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyk vyf primer-stelle van verskillende genoomgebiede van COVID-19 vir opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van vyf primer-stelle van verskillende genoomstreke van COVID-19 vir opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Vergelyking van vyf stelle primers uit verskillende streke van die COVID-19-genoom vir die opsporing van virale infeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van 5 verskillende genetiese streke van COVID-19 vir die opsporing van virale infeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Vergelyking van vyf stelle primers uit verskillende streke van die COVID-19-genoom vir opsporing van virale infeksie deur konvensionele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologie. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Voorlopige resultate van die nasionale eksterne kwaliteit assesseringsprogram vir die opsporing van SARS-CoV-2 genoomvolgordes. J. Klinies. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitiese evaluering van die doeltreffendheid van vyf RT-PCR-stelle vir ernstige akute respiratoriese sindroom Coronavirus 2. J. Klinies. laboratorium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluering van sewe kommersieel beskikbare SARS-CoV-2 RNA-opsporingstelle in China gebaseer op intydse polimerase kettingreaksie (PCR). klinies. Chemies. laboratorium. medisyne. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Vergelyking van sewe kommersiële RT-PCR COVID-19 diagnostiese kits. J. Klinies. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Vergelyking van diagnostiese prestasie van twee PCR-stelle vir die opsporing van SARS-CoV-2 nukleïensure. J. Klinies. laboratorium. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ens. 'n Vergelykende studie van vier SARS-CoV-2-nukleïensuur-amplifikasietoets (NAAT)-platforms het getoon dat ID NOW-prestasie aansienlik verswak is, afhangende van pasiënt en monstertipe. diagnose. mikrobiologie. Infekteer. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekule. Abbott-intydse SARS-CoV-2-ontledingspakketbyvoegsel. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Vanaf 10 Augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolasie met behulp van magnetiese krale vir vinnige grootskaalse opsporing deur RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).