中文网站
Dankie dat u Nature.com besoek het. U gebruik 'n blaaierweergawe met beperkte CSS -ondersteuning. Vir die beste ervaring, beveel ons aan dat u 'n bygewerkte blaaier gebruik (of die versoenbaarheidsmodus in Internet Explorer deaktiveer). Boonop wys ons die webwerf sonder style en JavaScript om deurlopende ondersteuning te verseker.
Toon 'n karrousel van drie skyfies tegelyk. Gebruik die vorige en volgende knoppies om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg, of gebruik die skuifknoppies aan die einde om deur drie skyfies op 'n slag te beweeg.
Sedert die uitbraak van Coronavirus-siekte in 2019 (COVID-19), is baie kommersiële nukleïensuurversterkingstoetse (NAATS) regoor die wêreld ontwikkel en het dit standaardtoetse geword. Alhoewel verskeie toetse vinnig ontwikkel en toegepas is op diagnostiese toetse van laboratoriums, is die uitvoering van hierdie toetse nie in 'n verskeidenheid instellings geëvalueer nie. Daarom het hierdie studie ten doel gehad om die prestasie van die Abbott SARS-COV-2, Daan-geen, BGI en Sansure Biotech-ondersoeke te evalueer met behulp van die saamgestelde verwysingsstandaard (CRS). Die studie is uitgevoer by die Ethiopiese Instituut vir Openbare Gesondheid (EPHI) van 1 tot 30 Desember 2020. 164 Nasofaryngeale monsters is onttrek met behulp van die QIAAMP RNA Mini Kit en die Abbott DNA -monstervoorbereidingstelsel. Van die 164 monsters was 59,1% positief en 40,9% was negatief vir CRS. Sansure Biotech -positiwiteit was aansienlik laag in vergelyking met CRS (P <0,05). Sansure Biotech -positiwiteit was aansienlik laag in vergelyking met CRS (P <0,05). Положительные рлльтаты sansure Biotech ыыли значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Die positiewe resultate van Sansure Biotech was aansienlik laer in vergelyking met CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。 У Sansure Biotech ыыло значительно менше положительных рыхлльтатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech het aansienlik minder positiewe resultate gehad in vergelyking met CRS (P <0,05).Die algehele ooreenkoms van die vier ontledings was 96,3–100% in vergelyking met CRS. Benewens die lae positiwiteitstempo van die Sansure Biotech -toets, was die prestasie van die vier ondersoeke byna vergelykbaar. As sodanig vereis die Sansure Biotech [slegs navorsing (Ruo)] -toets bykomende validering vir die gebruik daarvan in Ethiopië. Laastens moet addisionele navorsing oorweeg word om toetse te evalueer met toepaslike vervaardigers se eise.
Laboratoriumtoetsing is deel van die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) Strategiese plan vir Coronavirus Disease 2019 (Covid-19) Preparedness and Response (SPRP). Wat adviseer dat lande laboratoriumvermoë moet bou om paraatheid, behoorlike saakbestuur, waaksaamheid en vinnige reaksie op openbare gesondheidsuitdagings te verbeter. Dit dui daarop dat die rol van die laboratorium die sleutel is tot die karakterisering van die siekte en epidemiologie van opkomende aansteeklike middels en die verspreiding daarvan.
Die diagnose van COVID-19 benodig epidemiologiese en mediese inligting, persoonlike simptome/tekens, en radiografiese en laboratoriumdata2. Sedert die Covid-19-uitbraak in Wuhan, China, gerapporteer is, is baie kommersiële nukleïensuurversterkingstoetse (NAATS) regoor die wêreld ontwikkel. Intydse omgekeerde transkripsie-polimerase-kettingreaksie (RRT-PCR) is gebruik as 'n roetine- en standaardmetode vir laboratoriumdiagnose van ernstige akute respiratoriese sindroom 2 (SARS-COV-2) 3 infeksie. Molekulêre opsporing van SARS-COV-2 is tipies gebaseer op die N (nukleokapsid-proteïengeen), E (omhulselproteïengeen), en RDRP (RNA-afhanklike RNA-polimerase-geen) gene in ORF1A/B (oop leesraam 1A/B). geen) streek geïdentifiseer uit die virale genoom. Dit word beskou as die belangrikste behoue streke wat in virale genome vir virusherkenning gevind word4. Onder hierdie gene het die RDRP- en E -gene hoë analitiese opsporingsgevoeligheid, terwyl die N -geen 'n lae analitiese sensitiwiteit het.
Die werkverrigting van PCR -ondersoeke kan afhang van verskillende faktore soos: ekstraksie -reagense, versterkings-/opsporingsreagens, ekstraksiemetode, kwaliteit van die PCR -masjien en ander instrumente. Vanaf April 2020 het meer as 48 verskillende diagnostiese toestelle uit nege lande noodgebruikmagtiging (EUA) vir Covid-196-diagnostiek ontvang. In Ethiopië word meer as 14 intydse PCR-platforms gebruik vir PCR-opsporing van SARS-COV-2 by 26 openbare gesondheidsinstellings, waaronder ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 en Quant-Studio7. Daarbenewens is verskillende PCR-toetsstelle beskikbaar, soos Daan-genetoets, Abbott SARS-COV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-COV-2 BGI-toets. Alhoewel RRT-PCR baie sensitief is, rapporteer sommige pasiënte met COVID-19 vals negatiewe resultate as gevolg van onvoldoende kopieë van virale ribonukleïensuur (RNA) in monsters as gevolg van onbehoorlike versameling, vervoer, opberging en hantering en laboratoriumtoetsing. Voorwaardes en optrede van personeel8. Daarbenewens kan monster- of kontrole-mishandeling, siklusdrempel (CT) en kruisreaktiwiteit met ander patogene nukleïensure of onaktiewe/residuele SARS-COV-2 RNA lei tot vals positiewe resultate in RRT-PCR9-ondersoeke. Dit is dus duidelik dat PCR -toetse inderdaad draers van geenfragmente kan identifiseer, aangesien dit nie eens tussen werklik aktiewe virale gene kan onderskei nie, sodat die toetse slegs draers kan identifiseer en nie pasiënte nie10. Daarom is dit belangrik om diagnostiese prestasie te beoordeel met behulp van standaardmetodes in ons omgewing. Alhoewel baie NAAT -reagense beskikbaar is by die Ethiopiese Instituut vir Openbare Gesondheid (EPHI) en dwarsdeur die land, is daar nog geen vergelykende evaluering van die effektiwiteit daarvan gerapporteer nie. Daarom het hierdie studie ten doel gehad om die vergelykende prestasie van kommersieel beskikbare kits vir die opsporing van SARS-COV-2 deur RRT-PCR te evalueer met behulp van kliniese monsters.
'N Totaal van 164 deelnemers met 'n vermoedelike COVID-19 is by hierdie studie ingesluit. Die meerderheid van die monsters was van behandelingsentrums (118/164 = 72%), terwyl die oorblywende 46 (28%) deelnemers van nie-behandelingsentrums was. Onder die deelnemers wat nie in die sentrum behandel is nie, het 15 (9,1%) klinies vermoedelike gevalle gehad en 31 (18,9%) het kontak met bevestigde gevalle gehad. Drie-en-negentig (56,7%) deelnemers was manlik, en die gemiddelde (± SD) ouderdom van die deelnemers was 31,10 (± 11,82) jaar.
In hierdie studie is positiewe en negatiewe tempo van vier toetse vir COVID-19 bepaal. Dus was die positiewe koerse van die Abbott SARS-COV-2-toets, Daan Gene 2019-NCOV-toets, SARS-COV-2 BGI-toets, en Sansure Biotech 2019-NCOV-toets onderskeidelik 59,1%, 58,5%, 57,9% en 55,5%. Die positiewe en negatiewe saamgestelde verwysingsstandaard (CRS) tellings was onderskeidelik 97 (59,1%) en 67 (40,9%) (Tabel 1). In hierdie studie was die definisie van CRS gebaseer op die 'enige positiewe' reël, waardeur uit vier toetsresultate, twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat gelewer het, as positief of negatief beskou is.
In hierdie studie het ons 'n negatiewe persentasie -ooreenkoms (NPA) van 100% (95% CI 94.6-100) gevind vir alle ontledings in vergelyking met CRS. Die Sansure Biotechnology-analise het 'n minimale PPA van 93,8% (95% KI 87,2-97,1) getoon en die Daan-geen 2019-NCOV-analise het 'n algehele ooreenkoms van 99,4% gehad (95% KI 96,6-99,9). In teenstelling hiermee was die algehele ooreenkoms tussen die SARS-COV-2 BGI-toets en die Sansure Biotech 2019-NCOV-toets onderskeidelik 98,8% en 96,3% (Tabel 2).
Cohen se Kappa-koëffisiënt van ooreenkoms tussen CRS en Abbott SARS-COV-2-toetsresultate was ten volle konsekwent (K = 1,00). Net so stem Cohen se Kappa-waardes opgespoor deur Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI en Sansure Biotech 2019-NCOV ook volledig in ooreenstemming met CRS (K ≥ 0.925). In hierdie vergelykende analise het die Chi-Square-toets (McNemar-toets) getoon dat die Sansure Biotech 2019-NCOV-toetsresultate aansienlik verskil van die CRS-resultate (p = 0,031) (Tabel 2).
Soos getoon in Fig.1 Die persentasie van die laagste CT-waarde (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-toets (gekombineerde RDRP en N-geen) was 87,6% en ORF1A/B-geen CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-toets het getoon dat die persentasie lae CT-waarde (<20 ct) 50,3% was en die hoë CT-waarde (36-40 ct) was 3,2%. 1 Die persentasie van die laagste CT-waarde (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-toets (gekombineerde RDRP en N-geen) was 87,6% en ORF1A/B-geen CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-toets het getoon dat die persentasie lae CT-waarde (<20 ct) 50,3% was en die hoë CT-waarde (36-40 ct) was 3,2%.Soos getoon in Fig.1, пosk: Orf1a/b анализа Sansure BioTech 2019-ncov показало что процент низкого значения ct (<20 ct) состаergie 50,3%, а ы ы) состав eintlik 3,2%. 1, die persentasie van die laagste CT-waarde (<20 ct) -analise van Abbott SARS-COV-2 (gekombineerde geen RDRP en N) was 87,6%, en die CT-waarde van ORF1A/B-analise van Sansure Biotech 2019-NCOV het getoon dat die persentasie lae CT-waarde (<20 ct) vir 50.3%en hoë waarde (36-40 ct) was 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3%， 高 值 CT 值 (36-40 ct)的百分比为 3,2%。 Soos aangetoon in Figuur 1, is die laagste CT-waardepersentasie (<20 ct) van Abbott SARS-COV-2-toets (kombinasie van RDRP en N-geen) 87,6%, die ORF1A/B-geen CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-toets toon lae CT 值 (<20 ct) 的 persentasie is 50,3%, 高 CT 值 (36-40-40-40-40-40-40 ct) 3,2%. Как показано на н рисуeen 1, анализ Abbott sars-coV-2 (сочетающий гены rdrp и) имел саме низко п 20 ct) разере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b и иследовании ans ototech 2019- анализ ncov показал низкий ct. Soos getoon in Figuur 1, het die Abbott SARS-COV-2-toets (wat die RDRP- en N-gene kombineer) die laagste persentasie CT-waarde (<20 ct) op 87,6%gehad, terwyl die CT-waarde van die ORF1A/B-geen in die Sansure Biotech 2019-studie-die ontleding van NCOV het 'n lae CT getoon. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, ароцент выыоо значений ct (36–40 ct) сои и 3,2%. Die persentasie waardes (<20 ct) was 50,3%, en die persentasie hoë CT -waardes (36-40 ct) was 3,2%.Die Abbott SARS-COV-2 B-toets het CT-waardes bo 30 aangeteken. Aan die ander kant, aan die BGI SARS-COV-2-toets ORF1A/B-geen, was 'n hoë CT-waarde (> 36 ct) 4% (Fig. 1). Aan die ander kant, aan die BGI SARS-COV-2-toets ORF1A/B-geen, was 'n hoë CT-waarde (> 36 ct) 4% (Fig. 1). С друой стороны, в анализе bgi sars-coV-2 ген Orf1a/b имел ыыокое значение ct (> 36 ct), проццт ко). Aan die ander kant, in die ontleding van BGI SARS-COV-2 geen ORF1A/B, het 'n hoë CT-waarde (> 36 ct), waarvan die persentasie 4% was (Fig. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。 Aan die ander kant, in BGI SARS-COV-2-opsporing, is die persentasie ORF1A/B-geen met 'n hoë CT-waarde (> 36 ct) 4% (Figuur 1). С друой стороны, в анализе bgi sars-coV-2 процент генов orf1a/b с ыыокими значениями ct (> 36 ct) состави 4% (рS. 1). Aan die ander kant, in die BGI SARS-COV-2-analise, was die persentasie ORF1A/B-gene met hoë CT-waardes (> 36 ct) 4% (Fig. 1).
In hierdie studie het ons 164 nasofaryngeale monsters geneem. Vir alle soorte toetse is RNA -isolasie en versterking uitgevoer met behulp van die metodes en stelle wat deur die onderskeie vervaardigers aanbeveel is.
Hierdie studie het getoon dat Abbott se toets vir SARS-COV-2 dieselfde opsporingsprestasie het as CRS, met 100% positief, negatief en algehele konkordansie. Cohen se Kappa -ooreenkoms is 1,00, wat 'n volledige ooreenkoms met CRS aandui. 'N Soortgelyke studie deur die Universiteit van Washington in die VSA het bevind dat die algehele sensitiwiteit en spesifisiteit van die Abbott-toets vir SARS-COV-2 onderskeidelik 93% en 100% was, vergeleke met die laboratoriumbepaalde toetsing (LDA) van die CDC. 11. Die Abbott SARS-COV-2-opsporingstelsel is gebaseer op die gelyktydige gekombineerde opsporing van die N- en RDRP-gene, aangesien albei gene meer sensitief is, wat vals negatiewe minimaliseer12. 'N Studie in Wene, Oostenryk, het ook getoon dat groot ekstraksiemonstervolumes en opsporing van eluente volumes die verdunningseffekte tot die minimum beperk en verhoogde opsporingseffektiwiteit13. Dus kan Abbott se perfekte pasmaat vir die SARS-COV-2-toets geassosieer word met 'n platformopsporingstelsel wat terselfdertyd kombinatoriese gene opspoor, 'n groot aantal monsters (0,5 ml) onttrek en 'n groot hoeveelheid eluent (40 ul) gebruik.
Ons resultate het ook getoon dat die opsporingsprestasie van die Daan -genetiese toets byna dieselfde was as dié van CRS. Dit stem ooreen met 'n studie14 wat aan die Anhui -universiteit in Huainan, China en die vervaardiger se eis van 100% positiewe ooreenkoms gedoen is. Ondanks verslae van konsekwente resultate, was een steekproef vals negatief nadat hulle dieselfde eluaat herproef het, maar was dit positief in die Abbott SARS-COV-2 en Sansure Biotech NCOV-2019-ondersoeke. Dit dui daarop dat daar 'n wisselvalligheid in resultate oor verskillende soorte toetse kan wees. Nietemin, in die studie wat in China15 uitgevoer is, was die resultaat van die Daan-geenbepaling beduidend anders (p <0,05) in vergelyking met hul laboratorium-gedefinieerde verwysingsbepaling. Nietemin, in die studie wat in China15 uitgevoer is, was die resultaat van die Daan-geenbepaling beduidend anders (p <0,05) in vergelyking met hul laboratorium-gedefinieerde verwysingsbepaling. Тем не менее, в иследовании, проведеном в китае15, рззлтат анализа daan Gene значительн отлчл (p <0,05) лабораторнange эталоного анализа. In 'n studie in China15 was die ontledingsresultaat van Daan Gene egter beduidend anders (p <0,05) van hul laboratoriumverwysingsanalise.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в иследовании, проведенange м китае15, рзлтаты генетического тта daan з з 0, ч л) сравнению с ео эталонныы лоораторны ы тетом. In 'n studie in China15 was die resultate van Daan se genetiese toets egter beduidend verskillend (p <0,05) in vergelyking met die verwysingslaboratoriumtoets.Hierdie verskil kan wees as gevolg van die sensitiwiteit van die verwysingstoets om SARS-COV-2 op te spoor, en verdere studies kan belangrik wees om die oorsaak te bepaal.
Daarbenewens het ons studie die vergelykende prestasie van die SARS-COV-2 BGI-toets met CRS geëvalueer, wat 'n uitstekende positiewe persentasie-ooreenkoms (PPA = 97,9%), negatiewe persentasie-ooreenkoms (NPA = 100%) en die totale persentasie-ooreenkoms volgens geslag (OPA) toon. ). = 98,8%). Cohen se Kappa -waardes het goeie ooreenkoms getoon (K = 0.975). Studies in Nederland16 en China15 het konsekwente resultate getoon. Die SARS-COV-2 BGI-toets is 'n enkele geen (ORF1A/B) opsporingstoets met behulp van 10 µL versterking/opsporing Eluate. Ondanks goeie statistiese ooreenkoms met ons verwysingsresultate, het die ontleding twee positiewe monsters (1,22%) van die totale steekproef gemis. Dit kan groot kliniese implikasies hê vir die transmissiedinamika op sowel die pasiënt- as gemeenskapsvlak.
'N Ander vergelykende analise in hierdie studie was die Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -toets; Die totale wedstrydpersentasie was 96,3%. Die sterkte van ooreenkoms is ook bepaal deur die Kohen se Kappa -waarde, wat 0,925 was, wat 'n volledige ooreenkoms met die CRS aandui. Ons resultate is weereens identies aan studies wat aan die Central South University in Changsha, China, en by die Clinical Laboratory Department of Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17, gedoen is. Alhoewel bogenoemde goeie statistiese konkordansie aangeteken is, het die Chi-Square-toets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil gehad het in vergelyking met CRS (P <0,005). Alhoewel bogenoemde goeie statistiese konkordansie aangeteken is, het die Chi-Square-toets (MacNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil gehad het in vergelyking met CRS (P <0,005). Несмотря на то, что ыло зафиксировано указанное ышыш хороше статистич opdrag en 0,005). Alhoewel die goeie statistiese ooreenkoms hierbo aangeteken is, het die Chi-Square-toets (McNemar-toets) getoon dat die resultaat van die Sansure Biotech-toets 'n statisties beduidende verskil het in vergelyking met die CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （MacNemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（MacNemar 检验 表明 ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 CRS 相比 具有 显着 （（P <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отеченное выше хорошее стиografie статистически значим р рзницц (p <0,005) между анализом sansure Biotech и crs. Ondanks die goeie statistiese ooreenkoms hierbo genoem, het die Chi-Square-toets (McNemar-toets) 'n statisties beduidende verskil (p <0,005) tussen die Sansure Biotech-toets en die CRS getoon.Daar is gevind dat ses monsters (3,66%) vals negatiewe is in vergelyking met CRS (aanvullende tabel 1); Dit is baie belangrik, veral gegewe die dinamika van die oordrag van die virus. Bogenoemde data ondersteun ook hierdie lae opsporingskoers15.
In hierdie studie is CT-waardes bepaal vir elke toets en die onderskeie platform, met die laagste gemiddelde CT-waarde wat in die Abbott SARS-COV-2-toets gerapporteer is. Hierdie resultaat kan verband hou met Abbott se gelyktydige gekombineerde genetiese toetsstelsel vir die opsporing van SARS-COV-2. Volgens Figuur 1 het 87,6% van Abbott SARS-COV-2-resultate dus CT-waardes onder 20 gehad. Slegs 'n klein aantal monsterresultate (12,4%) was in die 20-30-reeks. CT -waardes bo 30 is nie aangeteken nie. Benewens Abbott se gebruik van die SARS-COV-2-paneel genetiese toetsformaat, kan hierdie resultaat verband hou met die laer opsporingslimiet (32,5 RNA-kopieë/ml) 18, wat drie keer laer is as die maatskappy se onderste limiet van 100 RNA-kopieë/ml. Ml) 19.
Hierdie studie het 'n paar beperkings: eerstens het ons nie standaard-/verwysingsmetodes [soos viruslading of ander laboratoriumtoetse (LDA)] as gevolg van 'n gebrek aan hulpbronne nie. Tweedens, al die monsters wat in hierdie studie gebruik is, was nasofaryngeale deppers, terwyl die resultate nie van toepassing was op ander voorbeeldtipes nie, en derdens was ons steekproefgrootte klein.
Hierdie studie het die prestasie van vier RRT-PCR-ondersoeke vir SARS-COV-2 vergelyk met behulp van nasofaryngeale monsters. Alle opsporingsassays het byna vergelykbare prestasie gehad, met die uitsondering van die Sansure Biotech -toets. Boonop is die lae positiwiteitstempo in die Sansure Biotech -toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (P <0,05). Boonop is die lae positiwiteitstempo in die Sansure Biotech -toets geïdentifiseer in vergelyking met die CRS (P <0,05). Кроме того, В т тте sansure Biotech ыыы выявлен низкий процент положительных рзлтатов по сравнению с crs (p <0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech -toets 'n lae persentasie positiewe resultate getoon in vergelyking met CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел боле низкий уровень положительных рзлтатов по сравнению с crs (p <0,05). Daarbenewens het die Sansure Biotech -toets 'n laer positiwiteitstempo in vergelyking met CRS (P <0,05).Die Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -analise van PPA, NPA en algehele ooreenkoms het meer as 93,5% oorskry met 'n Cohen kappa-sterkte van die ooreenkomswaarde van 0,925. Laastens benodig die Sansure Biotech Assay (RUO) verdere validering vir gebruik in Ethiopië, en addisionele navorsing moet oorweeg word om eise van individuele vervaardigers te evalueer.
Vergelykende studie -ontwerp is uitgevoer by vier gesondheidsfasiliteite in Addis Abeba, die Eka Kotebe -hospitaal, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital en St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Die gegewens is tussen 1 en 31 Desember 2020 versamel. Die mediese fasiliteite vir hierdie studie is doelbewus gekies op grond van hul groot aantal gevalle en die beskikbaarheid van belangrike behandelingsentrums in die stad. Net so is instrumente, waaronder die ABI 7500 en Abbott M2000 intydse PCR-instrumente, volgens die aanbevelings van die NAAT-reagensvervaardigers gekies, en vier PCR-opsporingsstelle is vir hierdie studie gekies, soos die meeste laboratoriums in Ethiopië ten minste vier daarvan gebruik het. Genetoets, Abbott SARS-COV-2-toets, Sansure Biotech-toets en SARS-COV-2 BGI-toets wat tydens die studie uitgevoer is).
Toetsing vir SARS-COV-2 is uitgevoer van 1 tot 30 Desember 2020 met behulp van 3 ml virale vervoermedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) van individue wat ondersoek word na COVID-19 wat na EPHI verwys is. Nasofaryngeale monsters is deur opgeleide monsterversamelaars versamel en in drievoudige pakke na EPHI gestuur. Voor nukleïensuurisolasie word aan elke monster 'n unieke identifikasienommer toegeken. Ekstraksie word onmiddellik vanaf elke monster uitgevoer met behulp van handmatige en outomatiese ekstraksiemetodes. Dus, vir die outomatiese ekstraksie van Abbott M2000, is 1,3 ml (ingesluit 0,8 ml dooie volume en 0,5 ml ekstraksie -inlaatvolume) van die monster uit elke monster onttrek en deur die Abbott DNA -monstervoorbereidingstelsel (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, VSA) beweeg. ) 'N Batch van 96 [92 monsters, twee opsporingskontroles en twee nie-templaatkontroles (NTC)] is in die algehele proses (herwinning en opsporing) van twee rondes SARS-COV-2 (EUA) in reële tyd ingesluit. mynbou. Gebruik ook dieselfde monsters vir handmatige ekstraksie (vir outomatiese ekstraksie en ontdekking). Dus, deur die loop van die proses, is 140 µl monsters geplak en onttrek met behulp van die QIAAMP virale RNA -mini -kit (Qiagen GmbH, Hilden, Duitsland) in groepe van 24 (insluitend 20 monsters, twee toetskontroles en twee NTC's) oor nege rondes. Eluate wat met die hand onttrek is, is versterk en opgespoor met behulp van 'n ABI 7500 termiese siklus met SARS-COV-2 BGI-toets, Daan-geen-toets en Sansure Biotech-toets.
Outomatiese isolasie en suiwering van SARS-COV-2 virale RNA volg die magnetiese kraalbeginsel met behulp van Abbott DNA-monstervoorbereidingsreagens. Inaktivering van monsters en oplosbaarheid van virale deeltjies word uitgevoer met behulp van 'n skoonmaakmiddel wat guanidien isothiocyanaat bevat om die proteïen te denatureer en RNase te inaktiveer. Die RNA word dan van die proteïen geskei deur soliede fase -skeiding met behulp van silika, dit wil sê die guanidiniumsout en die alkaliese pH van die lysisbuffer bevorder binding van die nukleïensure aan die silika (SiO2). Die spoelstap verwyder die oorblywende proteïene en puin om 'n duidelike oplossing te lewer. Deursigtige RNA is geïsoleer van silika-gebaseerde mikrodeeltjies met behulp van die instrument se magnetiese veld20,21. Aan die ander kant word handmatige isolasie en suiwering van RNA volgens die spin -kolommetode uitgevoer met behulp van sentrifugasie in plaas van 'n magnetiese stand en die skeiding van mikrodeeltjies van die eluent.
Die Abbott Real-Time SARS-COV-2-opsporingstoets (Abbott Molecular, Inc.) is uitgevoer volgens die instruksies van die vervaardiger, wat EUA19,22 van die WGO en FDA ontvang het. In hierdie protokol is monsterinaktivering voordat ekstraksie 30 minute in 'n waterbad by 56 ° C uitgevoer is. Na virusinaktivering is nukleïensuurekstraksie uitgevoer op 'n Abbott M2000 SP -instrument van 0,5 ml VTM met behulp van 'n Abbott M2000 DNA -monstervoorbereidingstelsel. Volgens die vervaardiger. Versterking en opsporing is uitgevoer met behulp van 'n Abbott M2000 RT-PCR-instrument, en dubbele opsporing is uitgevoer vir die RDRP- en N-gene. ROX) en VIC P (eie kleurstof) vir die teiken en opsporing van interne kontroles, waardeur beide versterkingsprodukte 19 gelyktydige opsporing moontlik maak.
Die versterkingsmetode van hierdie stel is gebaseer op een-stap RT-PCR-tegnologie. Die ORF1A/B- en N -gene is deur Daan -gentegnologie as behoue gebiede gekies om die versterking van die teikenstreek op te spoor. Spesifieke primers en fluoresserende ondersoeke (N-geen-ondersoeke gemerk met FAM, ORF1A/B-ondersoeke gemerk met VIC) is ontwerp om SARS-COV-2 RNA in monsters op te spoor. Die finale eluent- en meestermengsels is berei deur 5 µl Eluent tot 20 ul van die hoofmengsel by te voeg tot 'n finale volume van 25 ul. Versterking en opsporing is gelyktydig uitgevoer op 'n ABI 750024-intydse PCR-instrument.
Die ORF1A/B- en N-gene is opgespoor met behulp van die Sansure Biotech NCOV-2019-nukleïensuurdiagnostiese stel (fluoresserende PCR-opsporing). Berei spesifieke ondersoeke vir elke teikengeen voor deur die FAM -kanaal vir die ORF1A/B -streek en die ROX -kanaal vir die N -geen te kies. Vir hierdie toetsstel word eluent- en meestermengselreagens soos volg bygevoeg: berei 30 µl Master Mix -reagens en 20 ul geëluueerde monster voor vir opsporing/versterking. Intydse PCR ABI 750025 is gebruik vir versterking/opsporing.
Die SARS-COV-2 BGI-toets is 'n fluoresserende real-time RRT-PCR-stel vir die diagnose van COVID-19. Die teikengebied is geleë in die ORF1A/B-streek van die SARS-COV-2-genoom, wat 'n enkele geenopsporingsmetode is. Daarbenewens is die menslike huishoudelike geen ß-aktien 'n intern gereguleerde teikengeen. Die meestermengsel word berei deur 20 µl van die Master Mix -reagens en 10 µl van die onttrekte RNA -monster in 'n putplaat26 te meng. 'N ABI 7500 fluoresserende kwantitatiewe intydse PCR-instrument is gebruik vir versterking en opsporing. Alle nukleïensuurversterking, PCR -loopvoorwaardes vir elke toets, en die interpretasie van die resultate is uitgevoer volgens die instruksies van die onderskeie vervaardiger (Tabel 3).
In hierdie vergelykende analise het ons nie die verwysingsstandaardmetode gebruik om persentasie -ooreenkoms (positief, negatief en in die algemeen) en ander vergelykingsparameters vir die vier ontledings te bepaal nie. Elke toetsvergelyking is met CRS gedoen, in hierdie studie is die CRS deur die reël “enige positiewe” bepaal en die resultaat is bepaal, nie deur 'n enkele toets nie, ons het ten minste twee ooreenstemmende toetsresultate gebruik. In die geval van COVID-19-oordrag is vals negatiewe resultate ook gevaarliker as vals positiewe resultate. Daarom, om 'positief' so akkuraat as moontlik uit 'n CRS -resultaat te sê, moet ten minste twee toetstoetse positief wees, wat beteken dat ten minste een positiewe resultaat waarskynlik uit 'n EUA -toets sal kom. Dus, uit vier toetsresultate, word twee of meer toetsresultate wat dieselfde resultaat lewer, as 'n positiewe of negatiewe 18,27 beskou.
Data is versamel met behulp van gestruktureerde data -onttrekkingsvorms, data -invoer en -analise is uitgevoer met behulp van Excel -statistiese sagteware en SPSS weergawe 23.0 vir beskrywende statistieke. Positiewe, negatiewe en algehele persentasie -ooreenkoms is geanaliseer, en 'n kappa -telling is gebruik om die mate van ooreenkoms van elke metode met CRS te bepaal. Kappa-waardes word soos volg geïnterpreteer: 0,01 tot 0,20 vir ligte ooreenkoms, 0,21 tot 0,40 vir algemene ooreenkoms, 0,41-0,60 vir matige ooreenkoms, 0,61-0,80 vir groot ooreenkoms en 0,81-0,99 vir volledige ooreenkoms28.
Etiese goedkeuring is verkry van die Universiteit van Addis Abeba en alle eksperimentele protokolle vir hierdie studie is deur die Ethiopiese Public Health Institute se Scientific Ethics Review Board goedgekeur. Die verwysingsnommer vir die EPHI-etiese lisensie is EPHI/IRB-279-2020. Alle metodes is toegepas in ooreenstemming met die aanbevelings en bepalings van die Ethiopiese nasionale omvattende riglyne vir die behandeling van COVID-19. Daarbenewens is skriftelike ingeligte toestemming verkry van alle deelnemers aan die studie voor die deelname aan die studie.
Alle gegewens wat in hierdie studie verkry of ontleed is, is in hierdie gepubliseerde artikel ingesluit. Data wat die resultate van hierdie studie ondersteun, is op 'n redelike versoek van die onderskeie skrywer beskikbaar.
Wêreld- Gesondheidsorganisasie. Aanbevelings vir laboratoriumtoetsstrategieë vir COVID-19: tussentydse leiding, 21 Maart 2020 No. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Slim diagnose in die noodgeval: alles in die praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Slim diagnose in die noodgeval: alles in die praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI Intelligent Diagnosis of Covid-19 in die noodgeval: alles in die praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis KI Intelligent Diagnosis of Covid-19 in noodafdelings: Eind-tot-einde-integrasie in die praktyk. Deskundige Reveer Respire. medisyne. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die Covid19 ID NOU EUA -toets. Mitchell, SL & St George, K. Evaluering van die Covid19 ID NOU EUA -toets.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluering van die Covid19 ID NOU EUA -toets.Mitchell SL en St. George K. Evaluering van die Covid19 ID NOU EUA -toets. J. Klinies. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriumopsporing van Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in vermoedelike menslike siekte. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (toegang tot 15 Augustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19-diagnose: Siektes en toetsinstrumente. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Die vestiging van die College of Pathologists of Eastern, Sentraal- en Suider -Afrika - Regional School of Pathology of the Middle East and South Africa. Afrika. J. Lab. medisyne. 9 (1), 1-8 (2020).
Ethiopiese Instituut vir Openbare Gesondheid, Federale Ministerie van Gesondheid. Tussentydse nasionale strategie en leiding vir laboratoriumdiagnose van COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (toegang tot 12 Augustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, as vals negatiewe toetse vir SARS-COV-2-infeksie-uitdagings en implikasies. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, as vals negatiewe toetse vir SARS-COV-2-infeksie-uitdagings en implikasies.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim as vals-negatiewe toetse vir SARS-COV-2-infeksies en die gevolge daarvan.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim as vals-negatiewe toetse vir provokasie en die impak van SARS-COV-2-infeksie. N. Eng. J. Medisyne. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI vals positiewe en vals-negatiewe Covid-19-gevalle: strategieë vir die voorkoming en bestuur van respiratoriese en bestuur, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI vals positiewe en vals-negatiewe Covid-19-gevalle: strategieë vir die voorkoming en bestuur van respiratoriese en bestuur, inenting en verdere perspektiewe. Mouliou, DS & Gourgoulianis, ki л жноположительные и лжнотрицательные слчаи covid-19: респиратооя проиuc: лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Vals positiewe en vals negatiewe gevalle van Covid-19: Respiratoriese voorkoming en behandelingstrategieë, inenting en die pad vorentoe.Muliu, DS en Gurgulianis, KI vals-positiewe en vals-negatiewe gevalle van COVID-19: Strategieë vir respiratoriese voorkoming en behandeling, inenting en die weg vorentoe. Deskundige Reveer Respire. medisyne. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-diagnose in die noodafdeling: sien die boom maar verloor die bos. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-diagnose in die noodafdeling: sien die boom maar verloor die bos.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. Covid-19-diagnose in die noodgevalle-afdeling: sien die boom, verloor die bos.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. Covid-19-diagnose in noodkamers: nie genoeg bos vir die bome nie. Verskyn. medisyne. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering en validering van die analitiese en kliniese prestasie van die Abbott Realtime SARS-COV-2-toets. J. Klinies. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyk vyf primerstelle uit verskillende genoomstreek van Covid-19 vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van vyf primerstelle uit verskillende genoomstreke van Covid-19 vir opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Vergelyking van vyf stelle primers uit verskillende streke van die Covid-19-genoom vir opsporing van virale infeksie deur konvensionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelyking van 5 verskillende genetiese streke van Covid-19 vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Vergelyking van vyf stelle primers uit verskillende streke van die Covid-19-genoom vir die opsporing van virusinfeksie deur konvensionele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologie. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Voorlopige resultate van die nasionale eksterne kwaliteitsassesseringsprogram vir die opsporing van SARS-COV-2 genoomvolgordes. J. Klinies. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analitiese evaluering van die effektiwiteit van vyf RT-PCR-stelle vir ernstige akute respiratoriese sindroom coronavirus 2. J. klinies. laboratorium. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluering van sewe kommersieel beskikbare SARS-COV-2 RNA-opsporingsstelle in China op grond van intydse polimerase-kettingreaksie (PCR). klinies. Chemikalie. laboratorium. medisyne. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, Pb et al. Vergelyking van sewe kommersiële RT-PCR Covid-19-diagnostiese stelle. J. Klinies. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Vergelyking van diagnostiese werkverrigting van twee PCR-stelle vir die opsporing van SARS-COV-2 nukleïensure. J. Klinies. laboratorium. anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, ens. 'N Vergelykende studie van vier SARS-COV-2-nukleïensuurversterkingstoetsing (NAAT) platforms het getoon dat ID nou die prestasie aansienlik afgebreek is, afhangende van die tipe pasiënt en monster. Diagnose. Mikrobiologie. Besmet. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott -molekule. Abbott Real-Time SARS-COV-2-analise-pakket-insetsel. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Vanaf 10 Augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA-isolasie met behulp van magnetiese krale vir vinnige grootskaalse opsporing deur RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).
Postyd: Desember-08-2022
Privaatheidsinstellings